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hdWGCNA-1入门

hdWGCNA-1入门

作者: oceanandshore | 来源:发表于2023-10-29 20:13 被阅读0次

一、入门参考帖子

官网hdWGCNA in single-cell data • hdWGCNA (smorabit.github.io)

单细胞WGCNA分析(1) - 简书 (jianshu.com)

单细胞数据-hdWGCNA分析 - 简书 (jianshu.com)

hdWGCNA：单细胞WGCNA分析方法 - 简书 (jianshu.com)

单细胞WGCNA分析方法+随机森林 - 简书 (jianshu.com)

使用pbmc数据集做演示，使用矩阵是@data矩阵，基因是2000高变基因，细胞是所有细胞。（pbmc的数据不适合拿来跑WGCNA，这里只做为演示。） ---需要确认这句话是不是真的

hdWGCNA系列推文（二）：分析单细胞转录组数据 - 简书 (jianshu.com)

二、参考文献

1、Identification of antigen-presentation related B cells as a key player in Crohn's disease using single-cell dissecting, hdWGCNA, and deep learning - PubMed (nih.gov)

2、Single-cell dissection, hdWGCNA and deep learning reveal the role of oxidatively stressed plasma cells in ulcerative colitis - PubMed (nih.gov)

上面的两篇文章是一起做的，机器学习用的是mlr3包

3、机器学习和单细胞 RNA 测序分析可识别再生相关肝细胞，并重点介绍用于识别细胞增殖能力的 Birc5 相关模型 - PubMed (nih.gov)

这个的机器学习部分是用mlr3verse 包做的

4、

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