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【网络图】绘制"上流"的网络图

【网络图】绘制"上流"的网络图

作者: jjjscuedu | 来源:发表于2021-12-24 18:32 被阅读0次

上篇学习了如何用Gephi绘制网络图,今天学习做个复杂点,一看就让人觉得是高水平文章的“上流”的网络图,学习绘制下面这个樱花图。

下面是这个图的原始数据的edge文件:

和上一个文章一样的操作,导入edge文件,可以看到共有1048个node,1672个edge。

然后计算一些统计的参数,例如average degree(平均度),modularity(模块化指数)等。

然后,调整点的颜色和大小。在Partition选项下,选择计算得到的Modularity的数据,对网络图进行按模块着色。

在Ranking选项下,将点的大小与degree建立映射,手工调整结点的最大和最小尺寸:

然后,调整网络图的Layout,这里将Layout改为Yifan Hu,参数保持默认。有没有那么点大paper的意思了。(注:我比较把握不好的是这几个layout分别适合什么样子的数据类型,更适合什么样子的数据性质

例如这个是选择ForceAtlas 2的效果:

这个是Fruchterman Reingold的效果:

可能还是要看自己的数据集,以及想说明的问题,强调最想强调的部分来解释自己的结果为好。

然后自己再微调一下,比如我把一些比较杂的边移动了一下位置,看起来毛边边少些。

最后导入矢量图即可:

这种layout看起来比较适合hub node比较少,大多数的网络都属于这几个hub-node的子集,有点像多维的venn graph。

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