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【生信训练营-4】GenomicRanges入门

【生信训练营-4】GenomicRanges入门

作者: Rapp | 来源:发表于2016-09-18 15:12 被阅读1176次

    今天介绍的GenomicRanges包是建立在IRanges包的基础之上,能够为BioC中很多其他的软件包提供支持,在基于R的基因组学分析中占有十分重要的地位。

    学习GenomicRanges包的主要任务是掌握3个类:GRanges, GRangesList 和 GAlignments

    1. GRanges代表的是基因组上的一组区间范围(比如一个基因的所有exon)
    2. GRangesList代表的是基因组上多组区间范围(比如多个基因的exon)
    3. GAlignments代表的是基因组序列比对结果(比如将short reads比对到基因组上)

    我根据GenomicRanges的文档制作了一个简单的入门教程和大家分享:


    granges.jpg

    访问地址:http://112.74.107.44/bioc/Learning_GenomicRanges.html

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