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氨基酸序列的多重序列比对是重要的生物信息学分析方法，常用的工具软件有MEGA, DNAMAN, ClustalX等，但并不能生成高质量、美观的图片。ESPript 3.0可以全面、高质量地展示多重序列比对结果，并且可以同时展示序列的二级结构，突出序列的细节和重点，分析序列的亲疏水性和相对可溶性等。
ESPript 3.0网页界面显示出三种模式（MODE），自左至由分别为初级 BEG (BEGinner)，进阶级 ADV (ADVanced)和专业级 EXP (EXPert)。使用者可根据自身需求选择不同的模式作图。根据不同的使用需求，下面将分别介绍其基本功能和进阶功能。
本次介绍初级功能BEG (BEGinner)
前期准备：
首先，使用Clustal X或MEGA做氨基酸序列的多序列比对并将结果保存为.aln或.fasta格式。
随后，预测目的蛋白的三维结构，为了尽量全的展示序列结构，建议使用ITASSAR预测。
下面以人类、小鼠和斑马鱼的sod1多序列比对为例讲解。
1. 用MEGA做多重序列比对并保存.fas格式，将多重序列比对结果拖入或添加入Aligned Sequences, 同时勾选Number sequences.
如果只是需要一个多重序列比对的结果，此后的步骤就可以接看步骤3及以后步骤。此时所得到的结果如下：
2. 从PBD库中下载小鼠SOD1蛋白三维结构3GTT.pdb，并将pdb文件拖入Secondary structure depiction; 若三维结构为多聚体，在Chai ID处写出需要展示的氨基酸链，此处选择为A链。
注：软件默认二级结构展示出的为多重序列比对中的第一个序列，如二者不对应，则需要进一步自定义序列顺序。
而本例子中第一个序列为SOD1_human，与提供的小鼠SOD1三维结构模型不对应，因此需要在Sequences to display处自定义序列顺序。
3. 选择序列相似性描述参数
通常默认即可
4. 定义序列顺序
如不需要自定义顺序，则默认参数即可（all）。
此处将序列的顺序改为：2 1 3
5. 序列比对输出定义
序列输出调整可以自行尝试
6. 选择输出图片格式
可以选择不同的格式与分辨率。等待生成后保存即可。
输出结果：
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