Day6-学习R包

安装和加载R包

镜像设置

（引自生信星球教程https://mp.weixin.qq.com/s/XvKb5FjAGM6gYsxTw3tcWw）
自定义CRAN和Bioconductor的下载镜像，这样可以加速R包的下载：

# options函数就是设置R运行过程中的一些选项设置
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #对应清华源
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") #对应中科大源
# 当然可以换成其他地区的镜像

还可以把这两行代码保存成R配置文件，可以实现在打开Rstudio的时候自动运行设置镜像。

安装R包

install.packages(“包”) 安装CRAN网站上的R包
BiocManager::install(“包”) 安装Biocductor上的R包

加载R包

library(包)
require(包)
例：安装和加载dplyr包：

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) 
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") 
install.packages("dplyr")
library(dplyr)

image.png

dplyr基础应用

新增列

mutate()

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按列筛选

select()

按列号筛选

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按列名筛选

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按行筛选

filter()

image.png

按某列或某几列对整个表格进行排序

arrange()

image.png

汇总

summarise()
对数据进行汇总操作,结合group_by使用实用性强

image.png
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管道操作

%>%
(cmd/ctrl + shift + M)

image.png

统计某列的unique值

count()

image.png

dplyr处理关系数据

內连，取交集

inner_join()

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左连

left_join()

image.png

全连

full_join()

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半连接

返回能够与y表匹配的x表所有记录
semi_join()

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反连接

返回无法与y表匹配的x表的所有记录
anti_join()

image.png

简单合并

bind_rows()需要两个表格列数相同
bind_cols()需要两个数据框有相同的行数
相当于base包里的cbind()函数和rbind()函数

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