Cytoscape网络可视化 | 以WGCNA结果的网络可视化为例

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`Cytoscape`是一个开源的软件平台，用于可视化分子相互作用网络和生物路径，并将这些网络与注释、基因表达谱和其他状态数据进行整合。虽然`Cytoscape`最初是为生物研究设计的，但现在它是一个复杂网络分析和可视化的通用平台。`Cytoscape`核心版提供了一套基本的数据整合、分析和可视化功能。

    额外的功能可作为应用程序（以前称为插件）。应用程序可用于网络和分子分析，新的布局，额外的文件格式支持，脚本，以及与数据库的连接。任何人都可以使用基于`Java™`技术的`Cytoscape`开放`API`来开发这些应用程序，并且鼓励社区开发。大多数应用可以从`Cytoscape`应用商店免费获得。

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下载与安装

下载地址：https://cytoscape.org/
安装cytoscape需要java环境，目前最新版本为3.9支持的java环境有要求，可能需要重新下载规定版本的java。

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基础教程

以WGCNA导出的cytoscape文件为例。WGCNA 简明指南|3.使用WGCNA实现网络可视化

导入数据文件

首先导入我们之前WGCNA分析后得到的两个用于cytoscape分析的txt文件。

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看一下WGCNA导出的两个txt文件，
1. CytoscapeInput-edges-brown-red文件中包括了起始节点和目标节点的对应信息、相互作用形式信息，还有附加的临床性状和基因名等信息。 image-20220324182230215
2. CytoscapeInput-nodes-brown-red文件包含了节点的分组信息。 image-20220324182302849

Advanced option中可以选择文件分隔符类型，这里我们是使用的默认TAB分隔。

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导入文件时要选择每列信息的类型和导入与否。

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在导入文件时除了起始节点和目标节点之外，其他的信息我都作为棱属性导入了，也可以将direction列作为互作类型进行导入。
之前3.6的版本导入附加信息需要在菜单栏操作，更新后可以直接在控制栏继续导入数据。

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可视化

为了方便数据展示，我删除了其中一部分的节点信息使得图像不会过于复杂。首先在节点信息中选择一部分的节点信息，右键选中节点。
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图中对应的节点会被选中（黄色），然后右键被选中的节点删除。

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在布局菜单中更新一下布局，会使剩余的节点重新排布。布局菜单中可以选择节点的排布方式，我们选择了环形布局。

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布局如下图：

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接下来我们对图像进行优化调整，首先在左边控制栏中的style选项卡中，可以选择预设的几种图象表现类型。下面的Node、Edge等选项卡可以分别调整对应的属性。

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比如我们把节点的标签名用基因名来表示

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根据节点类型来分别填充不同的颜色

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我们可以利用Mapping来将同一参数表现为不同形式，比如根据互作形式来决定线的类型，首先在Line Type的map选项中选择用来分类的列，这里是选择了direction列，因为direction是分类变量，所以我们选择离散mapping方式，分别给直接互作和间接互作赋予实线和虚线。