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Cytoscape可视化WGCNA结果

Cytoscape可视化WGCNA结果

作者: 队长的生物实验室 | 来源:发表于2022-11-14 00:28 被阅读0次

    WGCNA模块结果可视化,运用到的是Cytoscape软件,具体如下:

    准备文件:
    1.WGCNA导出的node与edge文件;
    2.从node和edge文件中注释关注的TF与结构基因(注释包括基因名称,是否为TF),并整理至新的表格(fromnode与tonode都包括);

    3.导入后计算degree, 计算degree
    4.选中TF,右键Select选中,自动呈现圆形; 成圆
    5.选中结构基因,操作同上;

    6.选中其他基因,移动至圆形中央,即可完成初步图形。

    自用颜色大小搭配:

    TF TF设置
    结构基因 结构基因设置
    其他基因 其他基因设置
    Edge设置 Edge 效果图 成品图.png

    本篇仅作记录,配色可自行搭配。

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