In molecular biology, STRING (Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins) is a biological database and web resource of known and predicted protein–protein interactions.(from Wkkipedia)

无论是用蛋白名字，氨基酸序列或者是基因名，都可以在STRING找到相应的蛋白并得出PPI。不仅如此，在PPI展示的页面还有关于PPI内蛋白/基因的GO/KEGG注释。 https://www.jianshu.com/p/77f5f50f6f2b

而在Ｒ中，也同样可以对基因进行KEGG/GO注释。那到底哪个更方便，更可信呢。

在Ｒ中如何进行注释，这里就不在多说。而在STRING上如何下载GO/KEGG注释信息在这里有介绍。https://www.jianshu.com/p/d0e5728ffed3

那我们就分别来对比下同样的基因，在STRING和R得到的KEGG/GO注释有啥区别。这里主要是比较STRING和R中的KEGG/GO的background gene库的大小。如果数据库太久或比较小，有很多基因就没有被收录进去，这样有可能我们的目的基因就不会被注释到。（GO注释包括BP，CC和MF）。

注意：在名为‘GeneRation’和‘BgRatio’两列的数据里，我们只看分子。

在KEGG注释方面，我们可以看到，各自的区别不大。

在GO注释方面，同样识别的基因和background区别也不大，所以在KEGG/GO功能注释中，两种方法大家都可以放心使用。

PS：

虽说大多说情况如此，既然可以在STRING这种online tools中做出来的东西，为何我要在R中敲代码来实现呢。

然后，我就发现了某些功能，STRING是很笼统的归为一类，而R中，则会进行比较细致的分类。在这，R中，可以通过p,q值进行cutoff ,而在STRING中，只能通过调节interaction srore来cutoff了。所以STRING几秒钟的便捷，和R中细腻还是有一点区别的，看大家所需吧。毕竟鱼与熊掌不可兼得。（但AJ和钢丝球可以）