安装 cromwell

WDL 是用cromwell 运行的，cromwell就是一个java包，下载下来就能用，不过需要java8, jdk 1.8 以上

查看java内核版本

javac -version

下载cromwell

cd /seq_dir/gitlab/WDL

wget https://github.com/broadinstitute/cromwell/releases/download/47/womtool-47.jar

wget https://github.com/broadinstitute/cromwell/releases/download/47/cromwell-47.jar

可以自己选不同的版本，最高版的有报错

womtool用来检查wdl程序是否合法

cromwell 运行wdl程序

从github biowdl找个流程 somatic-variantcalling做测试

1. 先把release zip下载下来，我选择wget zip

wget https://github.com/biowdl/somatic-variantcalling/archive/refs/tags/v2.2.1.zip 

unzip v2.2.1.zip

发现还有两个目录tasks和scripts是软链接的，也下下来

wget https://github.com/biowdl/tasks/archive/refs/tags/v5.0.1.zip # task

wget https://github.com/biowdl/scripts/archive/refs/tags/v1.5.0.zip # script

unzip *.zip

cd somatic-variantcalling-2.2.1

rm -r tasks scripts 

ln -s ../scripts-1.5.0 scripts

ln -s ../tasks-5.0.1 tasks

2. 他提供了test数据，先找个test数据跑一下

2.1 跑下mutect2，参考 tests/test_mutect2.yml里的命令行

java -jar ../../cromwell-47.jar run -o tests/cromwell_options.json -i tests/integration/Mutect2Paired.json mutect2.wdl

第一次会去自动下载镜像，比较慢，可以docker images  实时看下镜像

这些quay开头的就是

有两个json，顾名思义-o设置输出目录，-i提供输入文件，tese里的输入文件他都准备好，直接可以跑

跑完后在test-output 目录下就能看到vcf了

2.2 再跑一个somatic-variantcalling 参考 tests/test_somatic-variantcalling.yml

java -jar ../../cromwell-47.jar run  -o tests/cromwell_options.json -i tests/integration/SomaticVariantcallingPairedConsensus.json somatic-variantcalling.wdl