R语言学习-初级问题解答

从解决问题，开始复习和学习；

问题一

下载 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra?term=SRP133642 里面的 RunInfo Table 文件读入到R里面，了解这个数据框，多少列，每一列都是什么属性的元素。（参考B站生信小技巧获取runinfo table） 这是一个单细胞转录组项目的数据，共768个细胞，如果你找不到RunInfo Table 文件，可以点击下载，然后读入你的R里面也可以。

• 一开始就有报错，先学习参数header，fill；添加了还是错误；

ex1 <- read.table("exam1.txt",header = T,fill = TRUE)
Error in read.table("exam1.txt", header = T, fill = TRUE) : 
  列的数目比列的名字要多

• read.table()的选项

1. header:逻辑型变量，第一行是否包含变量名；header is set to TRUE if and only if the first row contains one fewer field than the number of columns.
2. sep：分开数据值的分隔符，默认是sep=“ ”，一个或多个空格、制表符、换行或回车、使用 sep=“,”来读取用逗号来份分隔行内数据的文件，使用 sep =“\t”来读取使用制表符来分割行内数据的文件
3. row.names = 1
4. fill：logical. 如果为TRUE，则如果行的长度不相等，则会隐式添加空白字段。尾部空字段省略的行；从一个电子表格中导出的文件通常会把拖尾的空字段，为了读取这样的文件，必须设置参数 fill = TRUE。
5. stringsAsFactors:逻辑值，标记处字符向量是否需要转化为因子，默认是TRUE。

• R数据导入读取read.table函数详解，如何读取不规则的数据
• R语言_read.table()函数用法
• 然而最后还是没找到解决，看了答案；sep我以为是读表读取空格就好，但可能是完成？
  a <- read.table("SraRunTable.txt", header = TRUE, sep = '\t')

str函数查看数据框内容

str(a)

• R语言Data Frame数据框常用操作

问题二

下载 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE111229 里面的样本信息sample.csv读入到R里面，了解这个数据框，多少列，每一列都是什么属性的元素。（参考 https://mp.weixin.qq.com/s/fbHMNXOdwiQX5BAlci8brA 获取样本信息sample.csv）如果你实在是找不到样本信息文件sample.csv，也可以点击下载。把前面两个步骤的两个表（RunInfo Table 文件，样本信息sample.csv）关联起来，使用merge函数。

#把两个表关联起来，使用merge函数。
c <- merge(a, b, by = "Sample_Name", all.x = TRUE)

优秀作业答案：

• https://sr-c.github.io/2019/03/11/R-exercise/
• https://www.jianshu.com/p/8da5786658a7
• https://www.jianshu.com/p/4e3a94bd155a