这是我最近看的论文的一些笔记。
论文摘要翻译：
胃癌是世界上癌症死亡的第三大原因，而幽门螺旋杆菌（H. pylori）的感染是胃癌的主要原因。除了幽门螺旋杆菌感染外，整个胃部微生物群最近也被认为是胃癌进展过程的一个潜在因素。之前我们已经确定，缺乏骨髓分化初级反应基因88（MyD88，Myd88-/-）的小鼠在感染H.felis后迅速发展为肿瘤。因此，为了评估微生物群在这种快速进展过程的胃癌模型中的作用，我们研究了具有不同基因型背景的小鼠的胃微生物群的变化：野生型（WT）、MyD88缺陷型（Myd88-/-）、缺乏Toll/白细胞介素-1受体（TIR）域的适应体诱导干扰素-β（TRIF，TrifLps2）的小鼠，以及MyD88和TRIF缺陷型（Myd88-/-TrifLps2，双敲除（DKO））的小鼠。我们比较了未感染以及感染螺旋杆菌后小鼠的α多样性、β多样性、相对丰度和相对丰度比的对数倍差异的变化，并研究了它们与疾病进展到原位胃癌的相关性。我们观察到在所有基因型中，感染H.felis后的微生物多样性总体上有所减少。在所有被感染的小鼠中都观察到弯曲杆菌，Myd88-/-小鼠的弯曲杆菌丰度在3和6个月时明显减少。与TrifLps2和WT小鼠相比，被感染的Myd88-/-和DKO小鼠在3个月和6个月时观察到乳酸菌的急剧增加，暗示这些细菌可能在胃癌的进展进程中发挥作用。将乳酸菌的对数倍差异与组织学数据进行比较后，这一点得到了进一步加强，表明乳酸菌与螺旋杆菌的感染以及胃癌的进展密切相关。我们的研究表明，基因型的差异可能影响胃部微生物组，使其在感染螺旋杆菌后更容易发展为胃癌。此外，乳酸菌的增加可能有助于胃癌的快速发展，并可能作为快速进展的胃癌的潜在生物标志物。
1.本篇论文试图解决的问题：
评估胃部的微生物群在快速进展过程的胃癌模型中所起的作用。验证与其他基因型相比，快速进展的 Myd88-/- 癌症模型将显示出明显的胃微生物组变化。
2.本篇论文的实验方案以及关键：
（1）以野生型（WT）、MyD88缺陷型（Myd88-/-）、缺乏Toll/白细胞介素-1受体（TIR）域的适应体诱导干扰素-β（TRIF，TrifLps2）的小鼠，以及MyD88和TRIF缺陷型（Myd88-/-TrifLps2，双敲除（DKO））的小鼠为研究的对象，从它们获得的胃组织中提取 DNA，进行16S rRNA 测序，获得的数据进行比较未感染以及感染螺旋杆菌后小鼠的α多样性、β多样性、相对丰度和相对丰度比的对数倍差异的变化。
（2）正如本篇论文所述，在这项研究中，对小鼠胃粘膜组织而不是粪便样本进行采样，能了解不同基因型的胃微生物组在时间和感染状态方面的具体变化。与粪便样本相比，分析胃粘膜组织可提供更准确的胃癌进展过程中胃微生物群落的图像。此外，如论文中前面所述，Myd88-/- 小鼠可作为快速进展的胃癌模型，在感染幽门螺杆菌后 6 个月内发展到胃腺癌 。因此，分析 1 个月、3 个月和 6 个月期间的胃黏膜可以清楚地了解随着疾病进展为胃癌的微生物多样性和组成波动。
3.论文的实验结果
（1）以前对胰岛素-胃泌素（INS-GAS）小鼠的研究表明，幽门螺杆菌感染会导致微生物密度的整体下降。本论文的研究结果表明，在所有基因型的小鼠中，幽门螺杆菌感染后，微生物组的多样性也有整体下降。
（2）在研究中，所有基因型的受感染小鼠中都观察到了弯曲菌，因为螺旋菌属于弯曲菌目。然而，在Myd88-/-快速进展的胃癌模型中，观察到在3个月和6个月时，弯曲菌的丰度减少。这可能是由于胃癌病变的进展导致了粘膜萎缩的增加和胃酸分泌的减少，可能阻碍了螺旋菌的定植，促进了其他细菌丰度的增加。
（3）Myd88-/-小鼠和DKO小鼠在3个月和6个月时观察到乳酸菌增加。尽管乳酸菌被用于益生菌，并且通常被认为对宿主有益，但高水平的乳酸对胃癌来说可能是有害的。乳酸可以作为肿瘤细胞的能量来源，这可能导致ATP生成增加并促进炎症。
（4）梭菌属之前可能在其他研究中被证明在胃癌进展中起作用，但它在我们快速发展的胃癌模型中梭菌属的水平显着降低，没有发挥重要作用。
（5） Myd88-/- 和 DKO 小鼠在感染 H. felis 后具有显着更高水平的乳酸杆菌，而 WT 和 TrifLp2 小鼠则没有。Myd88-/- 和 DKO 小鼠的疾病发展也明显比 WT 和 TrifLp2 更差。这些发现表明乳酸杆菌属水平与胃癌发展之间存在跨基因型的相关性。
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