目前对循环外泌体信使RNA(emRNAs)的景观和特征知之甚少，这阻碍了对循环emRNAs的准确检测。通过比较循环外泌体的RNA测序数据与组织中相应的数据，我们说明了emRNA与组织mRNA的不同特征。
文章信息
- 文献标题：Circulating exosomal mRNA profiling identifies novel signatures for the detection of prostate cancer
- Doi：https://doi.org/10.1186/s12943-021-01349-z
- 发表时间：Molecular Cancer (2021)
- 通讯作者：Fubo Wang 海军医科大学上海长主任医院泌尿科（第二军医大学）
文章思路
31 PCa patients and 17 BPH (benign prostatic hyperplasia)
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The type and distribution of RNAs in circulating exosomes
- Raw reads are the sequences detected by RNA sequencing
- Query reads are those after trimming
- Mappable reads are those mapped to known human RNA or genomes
- mRNA是最丰富的RNA，这与之前的研究结果一致。
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比较循环外泌体及其相应组织的整个转录组中mRNA部分(all mRNAs (c), and oncogene mRNAs (d) )：两者整体数据分布一致。
此外，组织mRNA水平与emRNA水平显著相关(r=0.441，图1.1e)。
这表明：循环emRNAs可以反映组织mRNA谱，为癌症诊断提供了一种很有前途的无创方法。
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接着比较了在 tissue mRNAs and circulating emRNAs中PCa vs Normal 差异表达基因：
- 共同： 4 mRNAs upregulated，25 mRNAs downregulated
- 调控方向相反：Seven mRNAs were upregulated in circulating exosomes but downregulated in tissue, and 13 mRNAs were downregulated in circulating exosomes but upregulated in prostate tissue in PCa patients
这些结果表明，emrna和组织mrna之间存在独特的表达模式，使得循环emrna更有吸引力，并可作为前列腺癌诊断的非侵入性生物标志物。
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循环中的emRNA是完整的还是以短变体呈现的问题？
目前对外周血中现有的emRNA形式尚未达成共识，导致emRNA检测的不准确和不一致。先前的一项测序研究估计，大多数emRNA在血液中以较短的变体和片段出现，这增加了检测的难度。
我们使用IGV来可视化循环emRNA和组织mRNA在转录组中的reads分布：比较循环外泌体和组织中候选mRNA的每个外显子的表达水平，在emRNA中比在组织mRNA中发现了更多的变异。
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