随着大脑皮质的发育，我们突然发现自己能够更好地控制大脑边缘系统的冲动，或者说可以更好地控制自己对这个世界的情绪反应。大脑皮质总是试图调节并控制其下面较为古老的大脑边缘系统，这就是大脑自上而下的感知机理。但正是由于这种感知机理的存在，大脑皮质和大脑边缘系统总是认为自己的事情比对方的事情更重要，所以它们试图控制对方，结果导致人脑产生了很多内在的问题。具体来讲，大脑皮质认为自己比大脑边缘系统更聪明，往往借助自己的逻辑推理能力否定大脑边缘系统的情绪要求，并对大脑边缘系统进行过度的控制。
大脑皮质认为自己比大脑边缘系统更聪明，往往借助自己的逻辑推理能力否定大脑边缘系统的情绪要求，并对大脑边缘系统进行过度的控制。而大脑边缘系统则觉得自己的需求更加迫切，不愿意服从大脑皮质施加的逻辑推理的节制，并通过促使人体产生各种情绪反应来实现自己的需求。就这样，大脑这两个部位就陷入了持续斗争的状态。虽然从整体上来讲大脑希望寻求平衡，但要缓和大脑皮质和大脑边缘系统之间的斗争绝非易事。虽然持续的平衡难以成为现实，但我们发现这两部分大脑的相对影响力呈现出了此消彼长的变化趋势。然而，我们的最终目标就是让大脑中这两个相互独立的部位按照协调的、和谐的方式相互配合，实现具有可持续性的整体平衡。
大脑边缘系统包括下丘脑、海马、杏仁核和伏隔核（伏隔核也被称为“大脑的快感中心”）等。因此，在大脑边缘系统内，我们能找到饥饿、疼痛、嗜睡、愤怒、恐惧和快乐等原始体验的根源。大脑边缘系统的核心部分是基底核，基底核包括伏隔核和腹侧纹状体，这两部分脑体组织对人类行为具有至关重要的影响，因为它们能分泌一种名叫“多巴胺”的神经递质和名为“内啡肽”的天然镇痛剂。多巴胺是大脑产生的一种化学物质，是神经传导物质，承担着脑内信息传递者的角色，帮助细胞传送脉冲，对人的习惯和嗜好具有强烈影响。内啡肽会影响到人们对这些习惯和嗜好的体验，尤其是愉快的体验。当我们经历能够愉快的事情时，这些大脑化学物质强烈地影响着大脑的其他部位和整个身体，促使我们采取一切有可能的行为去寻求刺激，以创造愉悦感。
大脑边缘系统则觉得自己的需求更加迫切，不愿意服从大脑皮质施加的逻辑推理的节制，并通过促使人体产生各种情绪反应来实现自己的需求。就这样，大脑这两个部位就陷入了持续斗争的状态。虽然从整体上来讲大脑希望寻求平衡，但要缓和大脑皮质和大脑边缘系统之间的斗争绝非易事。虽然持续的平衡难以成为现实，但我们发现这两部分大脑的相对影响力呈现出了此消彼长的变化趋势。然而，我们的最终目标就是让大脑中这两个相互独立的部位按照协调的、和谐的方式相互配合，实现具有可持续性的整体平衡。
当我们变得害怕时，一种名为“促肾上腺皮质激素释放因子”（corticotrophin-releasing factor, CRF）的物质就会在大脑边缘系统的不同部位被分泌出来，尤其是下丘脑和杏仁核这两个部位。促肾上腺皮质激素释放因子一旦被分泌出来，就会促使人体产生一系列应激反应，因为这个过程还涉及垂体和肾上腺，所以在科学界，该过程被称为“下丘脑—垂体—肾上腺轴”（HPA轴）。下丘脑分泌促肾上腺皮质激素释放因子，进而刺激垂体产生促肾上腺皮质激素，促肾上腺皮质激素促进肾上腺皮质的组织增生以及皮质激素的生成和分泌。皮质激素的主要功能是调节动物体内的血糖水平和免疫机能。肾上腺还会做出进一步反应，分泌出其他肾上腺皮质激素，比如肾上腺素和去甲肾上腺素，从而激活交感神经系统。这就是经典的“战逃反应”的生理学机制。
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