markdown语法的学习
参考mk介绍的PDF
xshell的登录服务器
登录、文件传输（可以在服务器中下载文件）
复习动图
设置粘贴键
ctrl+c 为终止
设置粘贴：在工具栏
字号
退出服务器：exit
目录
/home :大多数操作
查看linux的系统（谷歌）
帮助文档
查看内核版本：cat /proc/version
查看系统版本：lsb_release -a
绝对目录从根文件出发
保存
">"写名字（不保存">"之前的内容）
">>"保存之前的内容（不请空写入；追加在末尾）
rm
rm -rf domed 删除domed目录以及它所包含的所有内容
rm -i a* 删除当前目录下所有以字母a开头的文件，并且在每次删除时，提示用户进行确认
调用变量用$
权限：permission denied(看报错PDF）
通配符：匹配功能
ftp传输：上传 下载
目录分隔符：/
\转义符
^$表示空行
*没办法匹配.开头的，所以变成.*
通配符网上有很多详细的说明
能用tab（真实存在）；能粘贴；避免手打
cd
cd 返回家目录
pwd 查看绝对路径
cd .. 返回上一层目录
cd ../.. 返回到上二级目录
cd . 返回本层目录
cd / 切换到根目录
cd /test1 切换到目录/test1
cd dir 切换到当前目录下的dir目录 注意：是cd dir，而不是cd /dir
mkdir
mkdir -p this/that/theother 在当前目录下建立指定的嵌套子目录
touch
touch是建立文本
touch del{1..10}.txt
注意：{}在touch以及rm -rf中都有用到
命令cp——复制文件
cp afile afile.bak 把文件复制为新文件afile.bak
cp afile /home/bible/ 把文件afile从当前目录复制到/home/bible/目录下 注意：from和to中是存在一个空格的，空格相当于分界线
cp * /tmp把当前目录下的所有未隐藏文件复制到/tmp/目录下
cp -a docs docs.bak 递归性地把当前目录下的docs目录复制为新目录docs.bak,保持文件属性，并复制所有的文件，包括以句点开头的隐藏文件。为了方便起见，-a选项包含-R选项
cp -i 在覆盖前询问用户
cp -v 告诉用户正在做什么
ls
通常以.开头的为隐藏文件
ls -la 给出当前目录下所有文件的一个长列表，包括以句点开头的“隐藏”文件
ls a*列出当前目录下以字母a开头的所有文件
ls -l *.doc 给出当前目录下以.doc结尾的所有文件
ls -l详细显示
ls -ltrh顺序搭配不重要，重要的是-与空格的差别
文件夹(开头是d)
文件(该图中的.表示是隐藏文件)
mv
更名 :
mv aflie bfile 将afile重命名为bfile移动：
mv afile /tmp 把当前目录下的afile移动到/tmp/目录下注意：afile是文件，tmp是文件夹
mv test{,test1}将test文件夹移动到test1中 注意:文件夹移动到另一个文件夹
more/less -s
history | less -S
输出结果命令 %>
> ：代表重定向到哪里
1 ：表示stdout标准输出，系统默认值是1
2 ：表示stderr标准错误
& ：表示等同于的意思，2>&1，表示2的输出重定向等同于1
回顾
编辑文本：vim
建立软连接：ln -s
ln -s 1.txt 1-s.txt 其中 “1-s.txt”是可更改的名称
切换路径:cd -
环境变量：$PATH
查看帮助文档 ：tree --help
cat
参考web：https://blog.csdn.net/xd_hebuters/article/details/79204812
压缩
tar -zxvf test.tar.gz -> 解压缩及解包获取文件
tar压缩 PDF
↓
阅览顺序：1-4-6 其次2
查看任务进程
ps -ef
可搭配|grep XXX
查看磁盘使用量
df -h
cut 按列可视化
ctrl+C:杀掉
less -s 慢慢查看
paste和cut 的连用
paste命令
fastq格式转化为fasta格式：
zless -S ~t3/rna_testdata/project/1.rna/2.raw_fq/SRR1039510_1.fastq.gz|paste - - - -|cut -f 1,2|tr '\t' '\n'|tr '@' '>'|less -S
去重命令以及如何查看chr的数目 （sort）
```zcat ~t3/rna_testdata/database/gtf/gencode.v29.annotation.gtf.gz |cut -f 1|sort|uniq -c````
find查找文件
find / -name '*.fa' 2> ~/error.txt
echo
查看对比：
bc
看PdF
cat输出文本
cat n1.txt
占位符 ~
ESC+：+wq 保存 退出
ls
和通配符结合*
ls *A*
grep()
https://www.jianshu.com/p/22a4324ddfdf
1、nl /etc/passwd | grep -w "root"
其中-w代表精准匹配（word）
2、nl /etc/passwd | grep -i ROOT
其中-i代表忽略大小写
3、ie代表或者
4、nl /etc/passwd | grep -c 'qmcui'
其中-c 代表匹配的字符出现了多少行
sed
参考web：https://www.runoob.com/linux/linux-comm-sed.html
echo $PATH|sed 's/:/\n/g'```
awk
awk倾向于一行当中分成数个“字段”处理；
公式为：awk '条件类型1{动作1} 条件类型2{动作2} ...' filename
参考web:https://www.cnblogs.com/lzeffort/p/7242762.html
举例说明1：
echo 1 2 3 |awk '{ print "total pay for", 2 * $3 }'```
awk的分隔符\t或者空格
awk的{}为外部必须是
''awk默认输出分隔符是空格键
echo $PATH|awk -F ':' '{print $1}'
-F：重新定义输入分隔符
举例说明2：
在家目录中可以进行操作
less -S gencode.v29.annotation.gtf.gz|grep -v '#'|awk '$3=="gene"{print $0}'|cut -f 3|sort|uniq -c
zless -S gencode.v29.annotation.gtf.gz|grep -v '#'|awk '$3=="gene"{print $0}'|less -S
安装miniconda，设置小环境
linux拷贝：
cp /home/t3/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh ~
ls
bash M(选择tab) 按一下enter
按空格
yes
安装路径 →enter
希望初始化信息放在init里面吗？yes
（no chang... modified..）
cat /modified...
Ctrl+G快速到末尾
source (激活) condra
配置环境变量echo $PATH
第四步
安装sh的软件 用bash
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