目前,Python 和 R 是生物信息数据分析最为常用的两门语言。或许我应该庆幸,数年前,我们在指定课题组主流编程语言时,抛开了自身优势(事实上,我们都很擅长写perl,这点放出来绝对能打),果断选择了 Python。于是现在课题组几乎所有小朋友,都是写Python。尽管这对我们来说不是好事,毕竟认识这样的,会了A,一般就不愿意选B。不过,这确实也不影响 TBtools 的插件开发。
因为很多做生信数据分析的朋友都是用 Python 语言写一些文本处理脚本,因此,为了方便大伙掌握 python 的依赖的解决办法,写一个简单教程,也算是一个整理。
大体参考了一个博客,虽然是日文的,但我面前还是参考了。因为这个写得比较简洁,也有效。
https://qiita.com/mm_sys/items/1fd3a50a930dac3db299
首先是直接到 Python 官网下载便携版 Python 环境(下述以Windows为主,事实上 MacOS 类似)
https://www.python.org/downloads/windows/
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/c686f1847ff92a25.png)
点击下载即可。下载完成后直接解压。会发现文件夹非常干净。因为是编写版本,所以体积也很小。压缩后只有 ~10Mb,解压后只有 ~20Mb。
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/4b952027ec4778fa.png)
安装 Python 模块,一般使用
pip
。这个需要自己下载一个脚本,随后放置到程序主目录
https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/38724fa87be84d06.png)
编辑模块放置文件
pythonXXX._pth
,以确保后续模块安装路径正确![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/834e0280d06c972c.png)
内容如下
python312.zip
.
# Uncomment to run site.main() automatically
import site
./Lib/site-packages
随后在当前目录打开 CMD
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/8c656aa68fb90067.png)
执行下述命令,安装 pip
.\python get-pip.py
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/5e6ea9bdc64ee8aa.png)
安装完成后,即可使用
pip
安装可以安装的文件了....
.\python -m pip install biopython
完成
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/8cdcd5746640bdb0.png)
至此,完成 python 和 依赖环境
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