转录组

背景介绍

转录组：特定类型细胞中全体转录本的集合（细胞特定时刻基因表达谱的快照）例如：mRNA、lncRNA、miRNA

技术

qRT-PCR：可以定量检测转录本拷贝数（表达水平），被广泛用于金标准，但是通量低，且需要事先知道待测转录本的序列

Microarray（微阵列/基因芯片）：定量检测转录本，通量较高，但仍需知道待测转录本的序列

Expressed sequence tag（EST/表达序列标签）：不需要事先知道待测转录本序列，可用来发现新的转录本，中通量

深度测序技术：在全转录组水平进行定量定性分析，也就是所谓的RNA-Seq技术

测序深度（Sequencing Depth）：测序得到的碱基总量（bp）与基因组大小（Genome）的比值，它是评价测序量的指标之一。测序深度与基因组覆盖度之间是一个正相关的关系，测序带来的错误率或假阳性结果会随着测序深度的提升而下降。

RPKM是Reads Per Kilobase per Million mapped reads的缩写，代表每百万reads中来自于某基因每千碱基长度的reads数。RPKM是将map到基因的read数除以map到基因组上的所有read数(以million为单位)与RNA的长度(以KB为单位)。可以减少测序深度和序列长度对定量分析的影响。