我过去曾接受而现在许多博物学家仍在坚持的观点——即每一物种都是分别创造出来的观点，是错误的。我坚信，物种是可变的……自然选择是形成新物种最重要的途径，虽然不是唯一的途径。——达尔文 《物种起源》
1831年，年仅22岁的达尔文（Darwin）有机会搭乘英国皇家海军的小猎犬号，开始了一段历时五年的环球航行和考察。在达尔文的环球之旅中，最为重要的一段旅程要数1835年在太平洋上的加拉帕戈斯群岛的所见所闻。达尔文发现，在这些群岛上生活着十三四种类似的雀鸟。他们的体型非常相似，喙的大小和形状却很不一样。有一些鸟喙长一些，适宜于沙土里挖虫子；有些短一些，而且更为弯曲和坚硬，适合砸开植物的种子。达尔文推断，最初南美大陆上的一些雀被大风吹到了加拉帕戈斯群岛的各个小岛上，根据岛上不同的食物来源，各小岛上的雀鸟慢慢地演化出不同的喙部，以适应各自的环境。反过来说，如果一种鸟类的喙部不适应环境，它就会因为没有足够的食物而饿死，也无法将自己的基因传递下去。这就是自然选择。
回到英国后，达尔文整理了自己收集来的标本和笔记，经过了几年的深思熟虑后，于1859年11月24日出版了跨时代的著作《物种起源》
《物种起源》要回答的核心问题是，一个物种是如何会变成另一个或多个物种的？你可能会回答：这还不简单，不就是进化论嘛。早在1898年，我国学者严复就翻译并出版了赫胥黎《进化论与伦理学》的一部分，也就是《天演论》，“物竞天择、适者生存”及“优胜劣汰”就成为了家喻户晓的进化论基本原理。这么看来，赫胥黎的思想要比达尔文更早一些进入中国。需要澄清的是，达尔文所说的演化只是对小范围环境的局部适应，而且这些微小的变化，都是在几百万年的时间尺度上来谈的。
达尔文认为，虽然同一个物种中的个体都非常相似，但是每个生物个体都是独特的。例如，绝大部分人都有一双眼睛，一对耳朵，两只手和两条腿，但是每个人有特定的身高、体重、发肤颜色都不尽相同。那么，为什么会有这些个体差异呢？这就和遗传有关了。遗传包含两个基本要素：重组和变异，而且很关键的一点是，它们都是随机的，这也是“自然选择”发挥作用的前提条件。达尔文认为，每一个生物个体都要接受自然选择。自然选择的过程包含了很多变量，例如捕猎者、食物来源、栖息地环境，还有气候等。每一个个体都在接受这些因素的考验，而每一个个体因为随机的基因重组或变异而拥有的独一无二的特征，在面对这些考验的时候就会产生或好或坏的影响。带有不利特征的个体就被自然所淘汰，带有有利特征的个体就能将自己的基因传递给下一代。例如，在全球变暖的过程中，如果一种生物身上的毛发过于浓密，可能就无法适应日渐炎热的环境。“自然选择”的本质其实就是自然淘汰，或者自然筛选。
达尔文在看到了加拉帕戈斯群岛的动植物之后，发现它们和美洲大陆上的动植物十分接近，然而岛上的环境和大陆的差异极大，按照创造论的看法，造物主应该把各个物种放在它最为适应的环境当中才对。于是他在自己的笔记中，记录了这样一个想法：那些鸟最开始的时候是同一个物种，只不过后来发生了变异。人们后来在达尔文的航行日记中也发现了他对当时宗教的质疑：“一个人如果没有宗教信仰，可能会感叹：这里肯定工作着两种不同的创造者，但是要工作的对象是同一个，在每一场合下，他们的目标完全达到了。”
虽然达尔文的思想转变也不是那么顺利——他本人在《物种起源》一书中还经常为创造论辩护，但是进化论的思想从根本上击碎了创造论在生物界中构筑的基石。因为在自然界中，所有的生物和它们的器官都是在漫长的演化过程中产生的，所以并不需要预设一个智能的设计或创造者。自然本身的进程就可以解释自然的成果，而不需要依赖于一个外在的意志。我们每一个个体都是35亿年生物进化的结果，每一个物种都只是生命树上的一根树杈而已。所以说，如果你祖上不能给你留下万贯家财，至少也是35亿年进化的赢家。对于我们的生物祖先还是要心怀感恩的。
达尔文的《物种起源》出版后受到了教会的激烈批评。当时，达尔文的好友赫胥黎不遗余力地为进化论辩护。赫胥黎是个博物学教授，算是达尔文的同行。他的经历也和达尔文非常相似，他曾经在军舰上从事过博物学研究。赫胥黎在第一次读了《物种起源》之后，给予了高度评价：“您的思想给那些渴望自由的人带来光明。”1860年6月，英国科学学会在牛津举行了一场会议。当时，一位叫威伯福斯的主教向赫胥黎提出了一个很尖锐的问题：“赫胥黎教授，请您回答一下是您的祖父，还是祖母来自猿猴呢？”赫胥黎非常冷静地回击：“因为自己的祖先是猿猴就感到羞耻是不应该的，真正感到羞耻的是这样一种人——他心浮气躁又巧舌如簧，在自己应该出现的活动范围里取得一些成绩还不够，还偏要对自己不擅长的科学领域横加干预。”赫胥黎后来被称为“达尔文的斗犬”，但事实上，他更像达尔文理论的代理人。在短短十年时间内，进化论不仅被学术界接受，而且成为了家喻户晓的理论。
达尔文本人对进化论是十分谨慎的，而英国哲学家赫伯特·斯宾塞（Herbert Spencer）却建议把进化论思想运用到各个领域。“社会达尔文主义”就是进化论思想进军社会领域的产物。需要注意的是，社会达尔文主义的出现早于达尔文《物种起源》的问世。斯宾塞在达尔文之前就在1855年出版的《心理学原理》这本书里，提出过类似“适者生存”概念。
斯宾塞认为，可以将社会整体同其成员的关系比作生物个体与其细胞的关系，甚至物理世界和自然世界的规律也可以直接应用到人类事务上。由此，社会达尔文主义提供了一套社会模型，根据自然界“食物链”的逻辑，提出“弱肉强食，物竞天择，适者生存”的观点，并以此解释社会现象。实际上，社会达尔文主义突出的不是自然选择，而是人类种内的生存竞争。
当时，在欧洲流行一种种族主义，认为民族也有优劣之分。所以，社会达尔文主义便被政治团体或者意识形态用来为殖民主义服务，宣扬和鼓吹一些民族对另一些民族的统治和压迫。此后，在社会达尔文主义的基础上，还出现了很多“优生学”理论。但是到了20世纪，这些理论被纳粹德国用来系统地对先天残疾人和精神病患者进行“非自愿的安乐死”。这就是纳粹德国历史上臭名昭著的T4法案。20世纪30年代，美国各州也出台类似法令，对精神病人进行强制绝育。可以说，这些做法从根本上混淆了作为科学理论的进化论和作为意识形态的社会达尔文主义。
生物界的弱肉强食本身是一个自然的基本事实，而在人类社会中的“弱肉强食”则变成了一种规范性的主张。将实然与应然混淆起来，始终是值得怀疑的。我们也要保持警惕，防止所谓的科学理论成为某种反人类政策的帮凶。其实，按照现代分子人类学的研究，现在地球上的人类（也就是智人，homo sapien）都起源于非洲。也就是说，所有人都有共同的祖先，而且人与人之间的基因差异可以说是微乎其微的。尝试用人的生物特性，来论证所谓的种族优劣或者弱肉强食的正当性，都是无效的。达尔文绝不该被视为一个生物决定论者。
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