R语言基础
今日内容：
1.安装R（基础）和Rstudio（人性化一些的界面）
2.粗略了解R语言是什么，干什么的，认识Rstudio的工作界面
3.学会外观设置和基本操作
4.完成第一个R做的图
注：如果已经安装或者基础较好，可以看下R for Data Science的第一章，系统学习作图。 对照原书看，百度R for Data Science 第一个结果就是了，免费。
安装R和Rstudio
- 按照给自己一个全新的R语言环境进行操作
注意每次点run的时候，先确定光标在要运行的命令同一行，以下都一样。
认识R和Rstudio
R是一种编程语言，也是统计计算和绘图的环境，它汇集了许多函数，能够提供强大的功能。
R语言软件界面简陋，通常不直接使用，而是用图形界面的Rstudio。RStudio是免费提供的开源集成开发环境（IDE）。RStudio提供了一个具有很多功能的环境，使R更容易使用，是在终端中使用R的绝佳选择。
Rstudio界面
左上：脚本编辑器
左下：控制台（脚本运行和结果显示）
右上：environment（对象/变量列表）；history（历史命令）
右下：文件/图片/帮助/包
此图片来源：微信公众号 生信星球
做两个简单图上手：
plot(rnorm(50))
- plot()函数是R中画x-y两个变量的函数；用runif()函数产生了两列随机数：x1,y1，然后用plot()函数直接画图。
-
rnorm()函数产生一系列的随机数，随机数个数，均值和标准差都可以设定。
随机数
boxplot(iris$Sepal.Length~iris$Species,col = c("lightblue","lightyellow","lightpink"))
-
boxplot（箱形图）用于展示一组数据的总体分布。
进一步介绍及常用参数可参考R语言boxplot绘图函数。 -
iris是一个R语言自带的数据框，通常用作示例。iris$Sepal.Length表示iris数据框的Sepal.Length这一列数据。以此类推。
三色boxplot
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R语言基本操作
1. 用Rproject管理工作目录
所谓工作目录就是默认的读取和储存位置，也就是说，R语言只能和一个文件夹进行互动，这个文件夹非常重要，做不好就会导致你的脚本、文件、图片各种乱跑，找不到。
查看这一篇，养成好习惯：R-project管理多个R工作目录
1. 设置一个工作目录
正常情况下关于工作目录的介绍是：
设置工作目录：setwd()
查看工作目录：getwd()
这样的话，只设置了一个工作目录。
2.如何并行多个项目(也就是多个工作目录)
- 新建project
绿色加号——new directory——new project——命名及路径选择【填好文件夹名后（其实给文件夹命名了，也就等于给project命名了，二者同名）点击Create Project，就打开了一个新的session，不干扰目前正在进行的项目】
附：生信技能树的R语言视频 bilibili -
打开project
生信技能树创始人jimmy推荐，只用这一个方法打开Rstudio。那么下次再要打开这个项目时，只需要在文件夹中找到这个R project，双击打开即可。
image.png
附：隔壁生信技能树公益视频合辑（学习顺序是linux，r，软件安装，geo，小技巧，ngs组学！）
B站教学视频链接：https://m.bilibili.com/space/338686099
2. 显示文件列表
直接打命令不跟路径会显示默认路径，也就是工作目录。相当于linux的ls。
命令：dir()
image.png
加减乘除
命令：1+2 回车
四则运算
赋值
赋值符号用<-，这是小于号加上减号，也可以按Alt加上减号。
x<- 1+2 意思是把1+2的运算结果赋值给x，赋值后，x会显示在右上角的框，Environment里的Value列表里
直接输入x 回车，就会把x的值（3）打印到控制台上,前面的那个[1]是结果的第一个，不用管他。
image.png
删除变量
代码：
b <- 1
c <- 4
u <- 5+6
rm(b)
rm(u,c)
rm(list = ls())#清空所有变量
rm(b)
rm(u,c)
rm(list = ls())
列出历史命令
history() 相当于鼠标单击右上角的history标签
双击某个命令，它就会跳到控制台（左下角的框框）大于号后面了，可以修改后运行。
清空控制台
快捷键ctrl+l
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