bioconda channel设置

如果要使用conda安装生物信息学软件，就需要设置bioconda软件源。下面是官方给出的设置方法：

bioconda官方说明截图
从图上可以看出，要用 bioconda 源，必须先设置 conda-forge 源，并且 conda-forge 源优先级是最高的，这是初次使用最易犯的错误。

# 设置官方源
conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge

在国内建议使用中科大的源，设置命令如下，

# defaults
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/pro
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/r
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main
# bioconda
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
# conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge

设置好后，可以查看下conda配置文件.condarc，内容应该如下：

channels:
- https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
- https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
- https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main
- https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
- https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/r
- https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/pro