与高通量测序的区别？

一般而言，高通量测序需要从大量细胞中获取足够的DNA样品，因此，测序结果是这些细胞的“平均值”，“整体”的表现。但是由于细胞异质性，相同表型的细胞的遗传信息可能存在显著差异性，一些低丰度的信息会被整体表现所掩盖。

分类

由于是单细胞测序，所以得到的DNA量很小，但又要构建文库来测序，所以需要对起始核酸进行数十万倍的扩增，如何避免核酸丢失、扩增偏差、提高技术的灵敏度和可重复性是技术上要解决的问题。技术的可重复、自动化、规模化是难点。
1 单细胞基因组测序方法
Malbac方法，Mda方法

2 单细胞转录组测序方法
Smart扩增技术：mRNA，没有分子标签功能
10×genomics技术：mRNA，有分子标签功能
Andeplete技术：能同时得到mRNA和LncRNA的信息

应用

1 对各种组织器官的发育过程进行单细胞转录组分析，发现新的细胞类型和标记基因；
2 与迅速发展的基因组编辑技术结合，对复杂的转录调控网络进行单细胞分辨率分析；
3 研究作物受到各种胁迫后在细胞层面的反应，将其正常细胞和受诱导的细胞单独分离出来测序，有助于发现一些关键基因。