gtf注释文件中，第9列的内容并不是完全对齐的，所以用cut并不能很好的取出这三列内容。当然gene_id这列除外。
图一
这个时候可以考虑awk的匹配模式了
cat test | awk 'BEGIN{FS=";"} {for(i=1;i<= NF;i++) if($i~/gene_name/) {print$i}}' > gene_name.txt
这样分别取出gene_id、gene_name、gene_biotype并重定向到三个文件中，在paste即可。
gtf注释文件中，第9列的内容并不是完全对齐的，所以用cut并不能很好的取出这三列内容。当然gene_id这列除外。
图一
这个时候可以考虑awk的匹配模式了
cat test | awk 'BEGIN{FS=";"} {for(i=1;i<= NF;i++) if($i~/gene_name/) {print$i}}' > gene_name.txt
这样分别取出gene_id、gene_name、gene_biotype并重定向到三个文件中，在paste即可。
gtf注释文件中，第9列的内容并不是完全对齐的，所以用cut并不能很好的取出这三列内容。当然gene_id这列除外...
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本文标题：gtf注释文件gene_id、gene_name、gene_bi
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/ucrpyktx.html
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