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2 ***** ***** ERROR: Requested c

2 ***** ***** ERROR: Requested c

作者: 白米饭睡不醒 | 来源:发表于2022-12-05 15:46 被阅读0次

    使用bedtools时报错:


    ***** ERROR: Requested column 10, but database file - only has fields 1 - 8.

    解决方法:
    bedtools intersect -a enhancers.bed -b down.bed -wa -wb | bedtools groupby -i - -g 1-5 -c 10 -o collapse > enhancers-down.txt
    将命令中的-c 10 改为-c 8
    这里 -c指定特定的需要进行统计的列. 必须参数
    这里的 -c 指的是两个定位文件匹配到一起后的列数

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