2018-11-12 learn for RNA-seq(1)

1.安装ubuntun 16.04系统

ultralso 制作系统盘 https://jingyan.baidu.com/article/5225f26b0bb45fe6fa0908bc.html

清华大学软件镜像下载  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/

直接安装 LVM ，系统分区（不会），直接默认（后续补充）

2.安装转录组分析相关软件

xshell 的安装和启动

在打开的Terminal中输入命令sudo apt-get install openssh-server，安装ssh server，安装完成后启动ssh服务，使用命令sudo /etc/init.d/ssh start，若出现以下信息，说明安装和启动ssh服务成功： 

xshell 的保存在腾讯微云，来自生信技能书

安装 r

sudo apt-get install r-base

R --version 查看版本

ubuntu 16.04 -18.04 国内镜像源（阿里云）_齐泽文的Blog-CSDN博客

安装 Rstudio-server

官网 https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/

$ sudo apt-get install gdebi-core

$ wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-1.1.463-amd64.deb （下不下来，翻了，然后直接下下来通过xshell传到linux）

$ sudo gdebi rstudio-server-1.1.463-amd64.deb

sudo rstudio-server status查看状态

http://192.168.1.13:8787(前面要有http 要不不识别，还是ubuntun比较好安装，centos折腾了好久然后不让打开，慢慢折腾后面)

安装各种分析软件

听了三种课，一个是生信技能书曾老师将的几种方法（自己的笔记），另外腾讯课堂生信软件安装的（几中方法），最后是腾讯课堂上2，3代转录的课程。感觉最后一种比较适合自己简单粗暴

mkdir -p ~/soft

cd ~/soft

# 把soft目录加大环境变量中，新安装的软件都软链到soft目录

课程里面学了句话很经典，环境变量搞不了直接绝对路径运行 

查看环境变量 echo $PATH

~/.bashrc 对于ubuntun

~/.bash.profile 对应 centos

cd soft/

cat <<END>> ~/.bashrc

export PATH=~/soft:$PATH

END

source ~/.bashrc