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对于 BLUPF90家族软件，其研发团队（University of Georgia大学的I. Misztal团队）上一年（2022）将以前的多个软件进行了整合。这样，研究人员能更好的使用。

主要是合成了BLUPF90+ 和Gibbsf90+两个综合软件，以下将分别进行简要介绍。

1. BLUPF90+软件

这个新的软件是将以前的Blupf90， remlf90, 和airemlf90合并。

其中的一些新Opition

1.1 Weights

该程序现在接受不同特征的不同权重。 这对 BLUP 和 REML 估计都有效。 它也在 renumf90 和 blup90iod3 中引入，但在 gibbsf90+ 中没有引入。
通过此修改，weight_y 变为 ntrait x ntrait 矩阵。 它的工作方式是，在 MME 中，应用于特征 i 的权重是 weight_y(i,i) 并且特征 i 和特征 j 对的权重是 weight_y(i,j) 实际上 weight_y(i,j)= sqrt(weight_y(i,i)*weight_i(j,j))。

这对应于记录 k 的残差方差为 Wk R Wk 的模型，其中 Wk 在对角线上包含记录 k 的 sqrt(1/weight(traits))，因此所有内容都与多元正态性一致。

如三性状模型的不同weight

WEIGHT(S)
7 8 9

如三性状模型的相同weight

WEIGHT(S)
7 

1.2 估计方差组分

需要使用

OPTION method VCE # (default BLUP with blupf90 options) 

如果想要使用EM-REML估计，则需要使用

OPTION EM-REML 100 # 这里是设置为前100 rounds为EM-REML， 后面则转为AI-REML

1.3 保存结果以原始ID（再也不用看重编码的数据了）

需要使用以下OPTION，结果文件为 solutions.original.

OPTION origID

1.4 直接保存结果accuracy 基于PEV

结果文件为acc_bf90：trait, effect, level, original_ID, solutions, reliabilities.

OPTION store_accuracy eff orig

以上命令，结合了OPTION origID命令

使用命令

 echo renf90.par | blupf90+

更多内容请查看新使用手册的网址：http://nce.ads.uga.edu/wiki/doku.php?id=readme.blupf90plus

2. Gibbsf90+软件

这个新的软件是将以前的gibbsXf90 和thrgibbsXf90多个软件合并。具体为 gibbs1f90、gibbs2f90、gibbs3f90、thrgibbs1f90 和 thrgibbs3f90 的组合程序。

GIBBSF90+ 为涉及多个分类变量和线性变量的混合阈值线性模型实施 Gibbs 采样器。 可以估计或假定阈值和方差。 用于二进制响应的另一个版本的 thrgibbs1f90b 可用。

当对分类（或二元）特征使用阈值模型时，等于 0 的表型被视为缺失。 因此，类别应该从1开始编号OPTION missing被弃用。

使用命令

gibbsf90+ parfile --samples i --burnin j --interval k

每个参数都应替换为你自己设定的值。

parfile：参数文件名（字符）
i：抽样本总数（整数）
j：去除的样本数（整数）
k：保存样本的间隔（整数）

更多内容请查看新使用手册的网址：http://nce.ads.uga.edu/wiki/doku.php?id=readme.gibbsf90plus