fastq转化为fasta

一般应该是由fastq转化为fasta(给出四种):

1 linux下直接： sed -n '1~4s/^@/>/p;2~4p' in.fastq > out.fasta
2 perl:  perl -ne 'y/@/>/;print($_.<>)&&<>&&<>' your_file.fastq > output_file.fasta
3 seqtk包下载（bioconda），再用：  seqtk seq -A input_file.fastq > output_file.fasta
4 在线网址： https://test.galaxyproject.org/

fasta改为fastq

fasta文件缺失信息，假设quality score of 40。
Perl将fasta改为fastq

下载程序

 wget https://storage.googleapis.com/google-code-archive-downloads/v2/code.google.com/fasta-to-fastq/fasta_to_fastq.pl

使用

perl fasta_to_fastq.pl reads.fasta > my_converted_fasta.fq

参考来自：
https://www.researchgate.net/post/How_can_I_convert_FASTQ_to_FASTA_format

https://code.google.com/archive/p/fasta-to-fastq/