软件名：InterVar
版本号：0.1.7

1. 软件用途综述

InterVar是一种生物信息学软件工具，用于通过ACMG / AMP 2015指南对遗传变异进行临床解释。 InterVar的输入是从ANNOVAR生成的注释文件，而InterVar的输出是将变体分类为“良性”，“可能良性”，“不确定重要性”，“可能致病性”和“致病性”码。 2015 年美国医学遗传学和基因组学学会(ACMG) 开发了针对序列变异的解读的标准和指南， 。 ACMG 开发的变异分类系统并推荐使用特定的标准术语，该系统将变异分为 pathogenic(致病的 ) 、 likelypathogenic(可能致病的) 、 uncertain significance(致病性不明确的) 、 likely benign(可能良性的) 、 benign(良性的) 来描述孟德尔疾病致病基因中发现的突变。 ACMG 的变异分类系统中共有 28 个证据类别，根据 28 个证据的组合形式进行变异位点的有害性分类。

网址：https://github.com/WGLab/InterVar

2. 分析原理

王凯教授开发这款疾病变异分析解读工具 InterVar旨在帮助遗传病数据解读人员 更高效地应用2015版ACMG指南的28条评估标准，能够对海量变异位点信息实现半自动化分析（18条自动，10条需要手动调整），加快遗传病基因分析和诊断速度。下图是intervar的工作流程：变异位点信息输入，软件对变异初步判读分类，手动调整必要条件后，得到最终判读结果。

image.png

3. 实现方法

3.1 使用示例

python /*/bin/InterVar/InterVar-master/Intervar.py
-b hg19
-i /*/bin/InterVar/InterVar-master/example/test.hg19_multianno.txt
--input_type=AVinput
-o /*/bin/InterVar/InterVar-master/example/test
--table_annovar /*/Software/Annovar_201602/table_annovar.pl
--convert2annovar /*/Software/Annovar_201602/convert2annovar.pl
--annotate_variation /*/Software/Annovar_201602/annotate_variation.pl
-d /*/bin/InterVar/test/humandb/
-t /*/bin/InterVar/InterVar-master/intervardb
--skip_annovar

3.2 程序说明

该程序可以输入文件可以是VCF格式（单样本或者群体均可）或者是AVinput格式，该程序可调用ANNOVAR进行注释，故可接受未注释的文件，也可以接受注释后的文件，主要参数说明如下

-b 基因组版本；
-i 输出文件，vcf格式或者AVinput格式（完成ANNOVAR注释或者未完成ANNOVAR注释均可）
--input_type输入文件格式
-o 输出文件前缀
--table_annovar=./table_annovar.pl table_annovar.pl脚本路径
--convert2annovar=./convert2annovar.pl convert2annovar.pl脚本路径
--annotate_variation=./annotate_variation.pl annotate_variation.pl脚本路径
-d humandb, --database_locat=humandb annovar注释数据库路径
--skip_annovar 基于现有的注释结果，不重新进行注释

3.3软件参数详细说明

*Usage: Intervar.py [OPTION] -i INPUT -o OUTPUT ...*
 *Intervar.py --config=config.ini ...*
*Options:*
 *--version* *输出版本信息并退出*
 *-h, --help**显示帮助信息并退出*
 *-c config.ini, --config=config.ini* *配置文件，可以将所有的参数都写到配置文件中*
 *-b hg19, --buildver=hg19* *基因组版本，目前支持**GRCh37 hg18**，后期会支持* *GRCh38*
 *-i example/ex1.avinput, --input=example/ex1.avinput* *包含变异的输入文件*
 *--input_type=AVinput* *输入文件的格式，可以是**AVinput**、**VCF(**单样本**sample)**、**VCF_m(**多样本**)*
 *-o example/myanno, --output=example/myanno* *输出文件的前缀*
 *InterVar Other Options:*
 *-t intervardb, --database_intervar=intervardb InterVar**自带数据库*
 *-s your_evidence_file, --evidence_file=your_evidence_file* *用户自己构建的证据*
 *Annovar Options:*
 *--table_annovar=./table_annovar.pl table_annovar.pl**脚本路径*
 *--convert2annovar=./convert2annovar.pl convert2annovar.pl**脚本路径*
 *--annotate_variation=./annotate_variation.pl annotate_variation.pl**脚本路径*
 *-d humandb, --database_locat=humandb annovar**注释数据库路径*
 *--skip_annovar* *基于现有的注释结果，不重新进行注释*

3.4 结果展示及说明

1) Chr：染色体
2) Start：变异位点在染色体上的起始位置
3) End：变异位点在染色体上的终止位置
4) Ref：参考基因组碱基型
5) Alt：样本基因组碱基型
6) Ref.Gene：基于refGene注释的基因名称，列出该变异所在的基因
7) Func.refGene：对变异位点所在的区域进行注释
8) ExonicFunc.refGene：外显子区的SNV 或 InDel变异类型
9) Gene.ensGene：基于ensembl注释的基因号
10) avsnp147： dbSNP数据库关于该位点的描述
11) AAChange.ensGene：基于ensembl的氨基酸改变注释结果
12) AAChange.refGene：基于refGene的氨基酸改变注释结果
13) Clinvar： Clinvar：clinvar注释
14) Intervar: InterVar and Evidence：intervar关于ACMG的注释
15) Freq_ExAC_ALL：ExAC_ALL数据库中的次等位基因频率
16) Freq_esp6500siv2_all：ESP6500数据库中的次等位基因频率
17) Freq_1000g2015aug_all：千人数据库中的次等位基因频率
18) CADD_raw：CADD初始分值
19) CADD_phred：CADD_Phred分值
20) SIFT_score：SIFT分值，表示该变异对蛋白序列的影响。
21) GERP++_RS：注释变异位点的保守性的GERP++_RS分值
22) phyloP46way_placental：
23) dbscSNV ADA_SCORE和dbscSNV RF_SCORE：dbscSNV数据库的ADA分值
24) dbsc SNV _RF_SCOR：是一个关于splicing区的变异注释数据库，基于不同算法给出Ada 和RF分值，作者建议使用0.6作为阈值。
25) Interpro_domain：蛋白序列和蛋白分类数据库interpro中关于结构域的注释
26) AAChange.knownGene：基于ncbi的氨基酸改变注释结果
27) rmsk：rmsk数据库注释结果
28) MetaSVM_score：dbNSFP数据库整合的预测分值
29) Freq_ExAC_POPs：
30) OMIM：OMIM数据库注释的疾病号
31) Phenotype_MIM：基于OMIM的表型注释
32) OrphaNo.：注释Orphanet号
33) Orpha：Orpha库注释内容
34) Otherinfo：其他信息

4. 注意事项

a) ANNOVAR必须是2016-02-01以后的版本。
b) Python >=2.6.6.（实测部分功能需要python3）
c) 需要提前从OMIM数据库中下载 mim2gene.txt (2016-09以后的)文件，并拷贝到软件自带的数据库目录内.
d) 当选用--skip_annovar参数跳过ANNOVAR注释时，-i和-o参数需要有相同的路径相同的文件前缀，且该步仅可在python3上完成。

5. 软件相关文献引用

Am J Hum Genet. 2017 Feb 2;100(2):267-280. doi: 10.1016/j.ajhg.2017.01.004. Epub 2017 Jan 26.InterVar: Clinical Interpretation of Genetic Variants by the 2015 ACMG-AMP Guidelines. Li Q(1), Wang K(2). Author information: (1)Zilkha Neurogenetic Institute, University of Southern California, Los Angeles, CA 90089, USA