使用GSEA需要在Java环境下运行，所以搭建好Java运行环境应该是使用GSEA的第一步，虽然很多时候可以使用无脑搭建Java环境，安装GSEA，但是如果碰到一点问题，没有预计到，还是很头疼。所以这一篇文章就是记录一下个人GSEA运行时Java环境的搭建时遇到的问题。
1. Java下载
1.1 版本要求
GSEA的运行时要求在java 8下运行，有些电脑自带Java 11， 这个时候就要自行下载Java 8 。下载地址https://www.oracle.com/java/technologies/javase-downloads.html
image.png
进入之后，选择相应的版本就可以。需要注册，用邮箱注册一个即可。
1.2 安装
可以是无脑安装，如果需要的话，可以自己改变安装位置，这是因为后面的环境变量的改变时需要用到。
1.3 环境搭建--环境变量
进入电脑的属性
选择高级设置
进入环境变量设置
环境变量中需要注意这两个变量的设置,一个是JAVA_HOME,另一个是PATH不区分大小写。系统变量如果没有这两个变量，可以自行新建。
变量设置参数如下：
变量名：JAVA_HOME
变量值：D:\Program Files (x86)\Java\jdk1.8.0_91
根据自己的实际路径配置，上面是我自己安装时的位置。
变量名：CLASSPATH
变量值：.;%JAVA_HOME%\lib\dt.jar;%JAVA_HOME%\lib\tools.jar;
前面有个"."
变量名：Path
变量值：%JAVA_HOME%\bin;%JAVA_HOME%\jre\bin;
注意：如果使用 1.5 以上版本的 JDK，不用设置 CLASSPATH 环境变量，也可以正常编译和运行 Java 程序。
对于win10 的系统，path的变量值要分开键入。
1.4 测试是否安装成功
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win + R，打开cmd
*分别键入 java， java -version， javac检测Java环境是否搭建成功。
搭建成功后，出现的应该是上图样式。
2. GSEA 下载
对于GSEA分析，可以在选择APP版本，也可以在R上分析，这里我们选择APP版本。
2.1 下载
选择GSEA官网下载https://www.gsea-msigdb.org/gsea/downloads.jsp
选择符合自己电脑配置的版本下载即可。
2.2 安装
- 下载后得到 .jnlp文件，直接点击安装即可。
- 如果不能成功，那么选择“打开方式”，选择安装Java路径下的jre安装路径，选择javaws.exe即可。
就能得到GSEA运行版本
运行即可
OK，到了GSEA熟悉的界面
解决了安装问题，下一步就是分析了。
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