抗战胜利复员之际，中博筹备处主任一职由曾昭燏代理，这段时期，她最为热心的是中央博物院建设事宜。
1947年1月，在曾的具体操作下，中央博物院主体大殿修建工程开始。曾充分展示了她的聪明才智和处理行政事务的能力。曾之所以在1949年坚决地留在大陆，很可能是因为中央博物院筹备处大殿和陈列厅凝结着她的汗水和情感，也可能是她以为如日中天的考古事业还是在大陆。1951年10月，在大举清理阶级队伍的风潮中，按上级部门要求，曾昭燏以戴罪之心，写了数万字的供状式《自传》， 交后作为“秘密”案卷存于冰冷阴暗的铁柜之中。直到2009年，南博龚良院长特别提请上级有关“组织”打开了尘封的卷宗，许多悬而未决、争论不休的隐秘得以揭开。
从曾的《自传》可看到，曾氏家族子弟一直秉承曾国藩“耕读持家”的家训，以及“居官不过偶然之事，居家乃是长久之计”的教诲，所以曾昭燏一直潜心读书，不问政治。但在她在彭山进行田野考古调查时，与政治紧密相连的社会现实不断刺激着她的神经而令人难以回避。在差不多的时间，她的二哥曾昭抡有逐渐向政治祭坛靠近。曾昭抡的思想转变，曾昭燏深受影响，认为他投身民主运动，纵论时局风云的气魄与决心，为自己所钦佩。20世纪40年代，中共高层通过叶剑英夫人曾宪植，令曾宪楷以隐蔽身份，做曾氏家族中的自由知识分子的政治思想工作，于是曾宪楷肩负使命来南京与曾昭燏同居一室。仅几月，曾昭燏的思想就有了重大转变，并在政治上朝着红色彼岸奔涌向前。她甚至试图做居美的傅斯年的工作，但随着傅的归国而破灭。傅赴台前，特地找曾约谈，劝其一同赴台，曾虽在感情上对傅感恩戴德，敬佩有加，但在政治上已成两条道上的人，因而当场拒绝。
1950年3月9日，中央博物院筹备处正式改名国立南京博物院，曾昭燏为副院长。10月，曾主持对南唐二陵正式发掘。由于南唐遗迹留存者很少，出土的文物成为研究南唐历史提供了重要参考资料。1954年，曾率领南博同人与山东省文管会，共同发掘了著名的山东沂南汉代画像石基。同年10月，进行郑州二里岗遗址的发掘……一次次的考古发掘，使曾昭燏的知识得到了充分发挥，也使南京博物院迎来了历史上最为辉煌的时代。她和夏鼐被当时文博界称为一对并驾齐驱的魁首，具有“南曾北夏”之称。1954年，曾昭燏正式出任南京博物院院长。
1951年12月23日，曾昭燏受聘担任南京市毛泽东思想学习委员会委员。她主动要求参加土改工作队，到基层接受改造，并在1960年屡次向党提出申请，要求加入共产党组织。1956年，曾氏开始真诚地三省吾身。按上边要求，通过国际广播电台三番五次对台广播，规劝对方重新投入人民的怀抱，享受幸福云云。曾昭燏的表现令当局还算满意，想不到的是国内的亲属接二连三地出事，痛苦与恐慌随之加深、加重。
1957年，曾昭燏最敬重的二哥曾昭抡被打成右派，撤销高教部副部长职务，发配到武汉大学接受监督改造。侄子曾宪洛由于家庭出身，被勒令退党。因撰写一些政论文章，被打成右派，继之被放逐到一个偏远农场劳动改造。1961年，曾宪洛难以忍受农场的非人生活，逃跑后下落不明，死活不知。1962年，曾昭燏最敬重的恩师胡小石因中风不治去世。自己一生未婚，不怀好意者妄意揣度她与同事、秘书。几十年后，研究者发现她的独身主义与她对社会苦难的认识与感悟，以及家庭背景、青年时代接受的教育和文化熏陶有着重大的关系。
1946年，由曾约农主持修订的《大界曾氏五修族谱》打破了民间以往私修家谱的惯例，准允女子入谱。当时曾昭燏不在谱内，直到1983年台湾重印，才单列加入附录。她的侄孙曾宁称呼她为“爷爷”，是曾氏家族把未婚女性当作“爷爷”的规矩。
2024年7月5日
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