TCGA基因与免疫评分带侧边密度图的相关性点图

在TCGA泛癌分析中经常会碰到某个基因与某种肿瘤免疫评分之间的相关性散点图和侧边密度图或云雨图。免疫评分一般用ESTIMATE R包进行计算，这里以两个基因表达作为例子演示。主要是ggstatsplot R包需要降级安装，现在的0.9.5版本有bug，按照生信星球公众号的内容采用0.06版本来使用。
先上效果图。

image.png

再来讲讲具体流程。
1. ggstatsplot R包下载
首先下载ggstatsplot 0.0.6版本，下载地址：ggstatsplot 0.0.6 ，可以直接下载到工作目录。
2. R包安装

install.packages("./ggstatsplot_0.0.6.tar.gz",
                           repos = NULL,dependencies = T,
                           lib = "C:/Program Files/R/R-4.1.3/library") # lib参数制定R包安装目录

3. 加载R包

library(ggstatsplot)
packageVersion("ggstatsplot")
[1] ‘0.0.6’
# 安装成功

4. 带侧边密度图或云雨图的相关性散点图

ggstatsplot::ggscatterstats(
  data = BRCA[1:100,1:100], # BRCA为TCGA BRCA tpm表达矩阵
  x = CCNL2,
  y = DVL1,
  xlab = "CCNL2 Expression",
  ylab = "DVL1",
  title = "CCNL2 and DVL1 correlation in BRCA",
  messages = FALSE,
  marginal.type = "density"
)

image.png

这里展示下BRCA的矩阵（这里有转置，行为标本，列为基因名字）

image.png

免疫评分矩阵类似基因表达矩阵，画图方法类似。