Metastats组间差异分析
Metastats组间差异分析与LEfSe类似，也是多用于寻找不同区组中微生物群落差异物种的一种工具。Metastats实际上是非参数多重检验和p值校正的整合，它对所有物种按照分组进行显著性检验，对数据集进行多重检验，则需要p值校正来获得更准确的结果。TUTU网站提供热图的形式实现Metastats组间差异分析结果可视化。
图片
应用举例
Figure 4.三个实验组中特定 OTU 的相对丰度差异。Metastats 模型应用于 25 个最丰富的 OTU，频率 >99%。三个实验组被表示为 SSc/GI+（具有确定的 SSc 和胃肠道症状的患者）、SSc/GI-（无胃肠道症状的 SSc 患者）和 HC（健康对照）。显着差异用不同的小字母突出显示（P < 0.05）。(Gut microbiota profile in systemic sclerosis patients with and without clinical evidence of gastrointestinal involvement)
图片
Figure 4.通过 Metastats 分析确定并在门级别总结的大西洋鲑鱼（淡水前蜕皮鱼和海水后蜕皮鱼）的肠道微生物操作分类单元 (OTU) 特征。沿 y 轴的丰度百分比是指特征 OTU 被分类映射到的门的相对比例。(Seawater transfer alters the intestinal microbiota profiles of Atlantic salmon (Salmo salar L.))
图片
TUTU云工具使用
云图图可以画，操作步骤如下：
①登录网址：https://www.cloudtutu.com/#/index（推荐使用360或者谷歌浏览器）
②输入用户名和密码（已经为大家填好了），输入验证码后即可登录，不必注册，直接使用，不必担心隐私泄露，是不是诚意满满~
③登录后在工具一栏（全部分析）里找到Metastats分析，点击进入；
④请按照界面右侧的说明书或者下文进行操作。
上传文件
※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传。(平台可对不规范的数据格式进行部分处理，但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据，以便机器可以识别)
a)准备两个数据矩阵(形式参照示例数据)；
b)表格需带表头，每一列为样本名，每一行为某指标具体数值，例如OTU、ASV、基因ID等等；
c)重要：请提交txt(制表符分隔)文本文件。操作方法为：全选excel中的所有内容（ctrl+A），复制到记事本中， 将记事本文件另存后点击“上传”按钮上传该文件。
image.png
参数设置
2.1 在界面右侧编辑分组信息：需要对所有样品进行分组，本网站支持在线修改分组名称的功能。有在线输入(方式一)和手动粘贴(方式二)两种方式。(绘图前必须检查分组名称)
图片
2.2 pvalue：p值选择：0.01、0.05、1
2.3 方法选择：本平台提供BH、holm、hochberg、hommel、bonferroni、BY、fdr等p值校正方法.
下载文件
点击“运行”开始作图，点击“下载”保存结果文件。PDF格式的文件可通过矢量图编辑工具进行编辑。
作图后处理
TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图，可通过矢量图处理软件进行编辑和调整（如：文字字体，文字大小，图片分辨率等）。
网友评论