美文网首页
运行picard FixMateInformation的问题

运行picard FixMateInformation的问题

作者: 浩瀚之宇 | 来源:发表于2018-11-13 09:24 被阅读0次

运行picard FixMateInformation单端测序数据正常,运行两端测序数据没有结果。
一、异常如下:
picard FixMateInformation I=GF10-1_marked.bam O=GF10-1_marked_fixed.bam SO=coordinate
运行没有结果,看到问题
Exception in thread "main" java.lang.OutOfMemoryError: GC overhead limit exceeded
查找到网页http://blog.sina.com.cn/s/blog_7c76d6390101avyr.html

二、解释:
JDK6新增错误类型。当GC为释放很小空间占用大量时间时抛出。
一般是因为堆太小。导致异常的原因:没有足够的内存。

三、解决方案:

gatk --java-options "-Xmx20G -Djava.io.tmpdir=./" FixMateInformation -I GF10-1_marked.bam -O GF10-1_marked_fixed.bam -SO coordinate

相关文章

网友评论

      本文标题:运行picard FixMateInformation的问题

      本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/uklkfqtx.html