参考资料，对原作者表示感谢！
Ubuntu18.04桌面版安装Qt5.12.1
编译安装R的问题记录，写的很详细。mark一下
转录组入门（1）：软件准备
Fedora的界面UI确实好用，就我看来，把窗口键改成原来 Alt + Tab 的创举着实可以让人提高工作效率。奈何地沟油就是地沟油，这东西linux之父能玩的转，但对于一些只是希望用linux办公的新人而言可就没那么简单了：装个软件各种报错，错误代码犹如天书般让人捉摸不透，网上一查才知道只是简单的因为缺少了某某依赖包；源码安装又太浪费时间，也绕不开一大堆的依赖性问题。折腾了整整两天，不禁泪流满面，仰天长叹曰：
“你是来帮我提高效率的还是来添麻烦的？”
毕竟我们又不是内行，问题出在哪都看不懂，怎么给你解决嘛。最要命的是使用一些小众软件办公的，网上连教程都找不到，换系统的心都有了。
嘿嘿于是，在反复尝试在fedora中安装Rstudio后，决定转战ubuntu阵营了。linux mint对新手是真的友好，起码安装驱动这一关就不用你太操心。虽然安装的时候还是有依赖性问题，但不至于无法解决。
好，开始正题。
安装R
1.1 apt 安装
极其不推荐新手使用源码包进行安装，如果你不是搞开发的，请老实的使用apt工具，毕竟你追求的是效率，不是稳定性。
- 为apt命令添加源
打开终端
sudo gedit /etc/apt/sources.list
加入
从R官网上提供的国内源镜像随便选择一个点进去，右键单击bionic-cran35/复制该链接
（如果不行就直接复制这个https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/）
deb http://源镜像/bin/linux/ubuntu的代号名称/
例如:
deb http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu raring/
说一下为什么要选择 bionic-cran35
这里的bionic-cran35其实就是ubuntu 18的代号名称，可以使用
lsb_release -a查看，因为linuxmint19是基于ubuntu18，所以用了这个
查看版本代号的方法，可以参考我的另一篇文章 https://www.jianshu.com/p/b14e96e60724
- 接着终端输入获取公钥
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
参考http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README
-
最后，终端输入
sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base
结束！
1.2 编译安装R
好吧， 果然，有时候flag不能立的太早。否则就容易啪啪打脸呀！Apt安装的r，确实有着方便快捷的好处，但是从镜像源选择默认安装的版本一般都是最新版。所以在你安装的时候请尝试使用这条命令。
可是我当时就没有想到这个问题。安装了最新版的啊。有许多。常用的包根本就不能使用。比如de pillar。比如，积极plot to。
但是我也没有想到用上面这条命令的方式，于是走了一个。最极端的路线。选择变眼妆。既然都用了，就在这儿记录一下这个方式吧。
其实最关键的问题还是官方没有给出二所需要的依赖。如果他能把二所需要的依赖列一个表格，然后放在install文件里，这样我们就可以免去很多安装报错的麻烦。嗯，内容大致就来自于这其实也没有什么别的放东西。
安装Rstudio
1. 安装依赖包
这是 github 上最新版 rstudio 对依赖包及其版本的最低要求，我并没有选择编译安装 rstudio，所以并没有安装 cmake，想想boost可能也用不到，不过误打误撞装上了，嫌麻烦也就不再卸载了
- R 3.0.1
- CMake 3.4.3 or newer
- Boost 1.69
- Qt 5.12.1 [Required only for Desktop]
- patchelf 0.9 [Required only for Desktop]
1.1 Qt 5.12.1 的安装
官方下载地址 http://download.qt.io/archive/qt/
选择下载qt-opensourece-linux-x64-5.12.1.run
打开终端，cd到文件所在目录
给软件权限
sudo chmod 755 qt-opensource-linux-x64-5.12.1.run
安装
sudo ./qt-opensource-linux-x64-5.12.1.run
说两点：
- Rstudio 对Qt的推荐安装位置是 /opt/RStudio-QtSDK，可以在之后的图形界面进行修改。
- 我们安装时只需要勾选tools 和 Desktop 两项即可。
1.2 boost 安装
可以参考我的我的另一篇文章 https://www.jianshu.com/p/125782d30a3f
1.3 patchelf 0.9安装
去官网下载 patchelf 0.9 的deb包，进入下载路径运行
sudo dpkg -i patchelf_0.9-1_amd64.deb
我记得没有什么依赖，有的话提示什么就用apt命令安装，很顺利就完成了
2 下载安装Rstudio
到RStudio官网去下载最新版RStudio，当前所使用的是1.2.1335版本。
Ubuntu 18.04/Linux Mint 19
https://download1.rstudio.org/desktop/bionic/amd64/rstudio-1.2.1335-amd64.deb
安装
sudo dpkg -i rstudio-1.2.1335-amd64.deb
3 运行
运行时要使用 su 命令切换到root用户，否则报错
$ rstudio
"Uncaught TypeError: Cannot read property 'notifyRCrashed' of undefined"
root 用户不能直接输入rstudio 打开，否则报错
# rstudio
[9422:9422:0819/142114.216655:ERROR:zygote_host_impl_linux.cc(89)] Running as root without --no-sandbox is not supported. See https://crbug.com/638180.
正确打开方式,root 用户输入
rstudio --no-sandbox
4 后续使用的问题记录
4.1 重新安装R之后rstudio提示
ERROR Unable to find an installation of R on the system (which R didn't return valid output);
将安装目录下的 /bin/R 在 /usr/bin/ 下创建一个软链接
I actually got it fixed by adding a soft link to the R installation:
$ ln -s /opt/vertica/R/bin/R /usr/bin/R
I didn't think this will work but it did.
Now I am having another problem with displaying figures in RStudio server. I'll open a new question for that one.
4.2 重新安装R之后rstudio提示
ERROR Unable to find libR.so in expected locations within R Home directory /usr/local/lib64/R
找不到 libR .so ;分两种情况
-
系统中存在/usr/lib/R/lib/libR.so文件
直接把/usr/lib/R/lib/libR.so软连接到/usr/local/lib/R/lib/libR.so，这样在rstudio运行时就找到了libR.so了。 -
系统中不存在/usr/lib/R/lib/libR.so文件
编译时未添加--enable-R-shlib导致，重新编译R(人家在官网INSTALL文件写的很清楚，以后要多仔细看看INSTALL文件，减少很多弯路)。
./configure --enable-R-shlib
4.3 安装'sf'包提示
Error: gdal-config not found
The gdal-config script distributed with GDAL could not be found
终端下安装缺少的 libgdal-dev 函式库
apt install libgdal-dev
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