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生成特定碱基比例的随机序列

生成特定碱基比例的随机序列

作者: dulunar | 来源:发表于2018-09-18 22:35 被阅读0次

    ​​​#!/usr/bin/perl 

    use strict;

    use warnings; 

    use BioX::SeqUtils::RandomSequence; 

    my $randomizer = BioX::SeqUtils::RandomSequence-》new(

        {

            l =》 10000,

            s =》 1,

            y =》 "dna",

            a =》 3,

            c =》 3,

            g =》 2,

            t =》 2

        }

    );

    print $randomizer-》rand_seq(), "n";

    #!/usr/bin/perl -w 

    use strict; 

    my @seq = ( "A", "T", "C", "G" );

    my $length = 10000; 

    undef my %hash;

    $hash{"A"} = int( $length * 0.3 );

    $hash{"C"} = int( $length * 0.3 );

    $hash{"G"} = int( $length * 0.2 );

    $hash{"T"} = int( $length * 0.2 ); 

    my $i = 0;

    while ( $i 《 $length ) {

        my $word = $seq[ rand(@seq) ];

        if ( $hash{$word} ) {

            print "$word";

            $i++;

        }

        $hash{$word}--;

    }

    print "n";

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