纯生信分析系列 免疫signature gene 分析思路

最近有很多客户要看10+的那个方案，由于客户项目还处于保密期，我们可以把初版的方案给大家看下，秀秀肌肉。此外

这个方案是19年6月的版本，

我们现在有变异版

生信人

分析意向（http://gaptechsxr.mikecrm.com/1vdMmqy）

xx肿瘤免疫signature gene 开发和评估分析方案

数据：

整合了TCGA患者的免疫相关基因（IRG）表达谱和以及具有生存信息的临床数据。

ICGC或者GEO数据。

技术路线

1、识别差异表达的免疫相关基因

2、富集分析

3、PPI蛋白互作或者WGCNA 构建网络

4、识别hub免疫相关基因

5、评估hub免疫相关基因预后能力

6、全基因组刻画hub特征

7、TF和ncRNA（miRNA、lncRNA）调控网络

8、利用signature gene 构建风险打分模型并进行临床效能评估。

9、与其他的模型横向比较（客户提供模型1-2个）

10、利用独立数据集评估模型的准确性（ICGC）

11、预测不同的分子亚型对免疫治疗（PD1、CTAL4等）的敏感程度和利用GDSC细胞系预测不同的亚型对特定药物的敏感程度

12、无监督聚类分子分型

13、分型后富集分析，看不同的亚群富集功能的区别

14、亚群lanscape（包括细胞浸润情况、TNM、HPV、MSI以及TP53等前十突变基因）

15、预测不同的分子亚型对免疫治疗（PD1、CTAL4等）的敏感程度和利用GDSC细胞系预测不同的亚型对特定药物的敏感程度

参考文献

1、Genome-Wide Analysis of Prognostic lncRNAs, miRNAs, and mRNAs Forming a Competing Endogenous RNA Network in Hepatocellular Carcinoma

2、Development and validation of a TP53-associated immune prognostic

model for hepatocellular carcinoma

3、Genome-Wide Profiling of Prognostic Alternative Splicing Signature in Colorectal Cancer

4、Immune Signature-Based Subtypes of Cervical Squamous Cell

Carcinoma Tightly Associated with Human Papillomavirus Type 16

Expression, Molecular Features, and Clinical Outcome1

5、Development of a prognostic index based on an immunogenomic landscape analysis of papillary thyroid cancer

这个方案是19年6月的版本，我们现在有变异版生信人

分析意向（http://gaptechsxr.mikecrm.com/1vdMmqy）