TCGA泛癌全基因组分析(PCAWG)介绍

所谓的泛癌分析

我们都知道在TCGA数据库当中，包括了33种所有实体肿瘤的测序的结果(如果不知道的话，可以看我们的第二篇推送)。我们在进行TCGA数据分析的时候，除了可以对单一的癌种进行分析之外。还可以对所有的33种肿瘤进行统一的分析解读，来寻找33种肿瘤当中所存在的共同的特征。这就是我们说到的泛癌分析了。

关于泛癌分析的计划，从2013年就开始了。那个时候就提到了要对TCGA的所有数据来来进行整合的分析。

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在2018年的时候，TCGA的相关工作人员在cell旗下的等一系列的高分杂志上发表了27篇相关的相关泛癌分析的文献。当时的那个计划叫做泛癌图谱(Pan-Cancer Atlas)。

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再往后系统的泛癌分析接下来就是到了今年的PCAWG了。

所谓PCAWG

泛癌全基因组分析(Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes , PCAWG)是TCGA的相关工作人员，利用TCGA数据当中的WGS(全基因组测序)的数据。对所有肿瘤在DNA水平上的统一的分析。而这次的话，在nature旗下的杂志一次性的发表了17篇文章(下一次的泛癌文章，会不会发到science旗下呢？)。

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对于这次的PCAWG方面的分析，TCGA的工作人员通过主要是通过结构变异、肿瘤进化、突变特征、癌症驱动、基因调控以及相关工具来进行归类的。如果想要了解的可以点击阅读原文来查看所有的相关文献。

在线分析PCAWG的工具

为什么突然要介绍介绍PCAWG。这个因为最近在NATURE COMMUNICATIONS上发表了一篇介绍使用和可视化PCAWG数据的文献。在这个文献里面介绍了五个可以用来分析PCAWG的在线数据库。利用这五个数据库我们就可以来自己分析PCAWG的数据了。

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在这边文章里面，同时也对这五个数据库的功能进行了一下简单的汇总。通过下面表格的汇总，通过👇的表格看出

• 在数据检索方面，ICGC和UCSC XENA可以满足所有的检索方式

• 在数据可视化方面，每个数据库的功能则各有不同。

• 在数据分析方面，PCAWG Scout可以进行所有其他数据库进行的分析

• 在数据下载方面，尤其是最原始的BAM数据的下载ICGC数据库是可以的，别的都不行。

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今天就做一个引子简单的介绍一下关于PCAWG的事情。明天开始我们就开始一个一个介绍这几个数据库的使用吧。

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