公众号目前是我自己在写，因此，想到哪写到哪，更新时间也不固定，我写的都是我在玩生信的过程中实际遇到的问题，解决了就分享给大家。
Monocle2在单细胞分析中是个很好的R包，在伪时间(拟时间)内对单个细胞排序的策略，利用单个细胞的非同步进程和先进的机器学习技术(反向图嵌入)，将它们置于与细胞分化等生物学过程相对应的轨迹上，并使用了一种叫做DDRTree的高级非线性重建算法从而强大而准确地解决复杂的生物过程。Monocle2的优势在于其选择无监督机器学习的方法，不会受到先验知识的干扰，多篇文章和引用量已证实其稳健性。
其实monocle3早就出了，至今用的人感觉也不多，原因就在于它需要自定义起点！比如说能确定其中一类细胞是祖细胞，那这个先验知识用于定义monocle3的起点是非常好的！
继续说回来，很早就开始用Monocle2了，程序简单，没什么门槛，不像pyVELO需要LINUX和python知识，基本上也不会报错，但是最近运行却出现了两个错误，都与R或者R包的更新有关。
1.第一个报错是在运行orderCells函数时，Error in if (class(projection) != "matrix") projection <- as.matrix(projection) :the condition has length > 1，解决办法：R退回<4.2版本即可，必应搜索也有修改函数的其他解决办法，可以自行尝试；
2.第二个报错是在reduceDimension函数运行，方法选择为DDRTree时会报错，具体错误记不清了，解决办法就是：把DDRTree这个包退回到0.1.4版本！具体版本可以去cran下载。
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