主要干燥为此一旦确定目标低温速冻柜产品温度通常比临界温度低几度，确定/控制的唯一两个变量是架子温度和速冻柜系统真空度。 在一次干燥期间，系统压力和搁板温度被设定和控制在一起以产生合适的产品温度。 推荐的方法是首先使用冰床的蒸气压来设定系统压力。 使用热电偶监测产品温度，然后缓慢升高搁板低温速冻柜温度设定点，直到产品达到其目标温度。
当获得目标产品温度时，搁架温度保持恒定以实现一次干燥的平衡。 某些产品在滤饼的干燥部分具有高的蒸汽流动阻力，可能需要在第一次干燥结束时降低搁板温度，以使速冻柜产品温度保持在目标值，并避免瓦解。不建议在一次干燥期间任意重复地增加低温速冻柜架子温度，如在一些较旧的传统循环中所看到的那样。
利用冰床的蒸汽压力是确定冷冻干燥适宜压力的科学方法。 一般的指导方针是选择在目标产品温度下冰的蒸气压为的系统压力。 这是 产品厚度水蒸气分子从产品的干燥部分出来时遇到阻力。 较薄的样品对蒸汽流动的阻力较小，导致干燥较快。 冷冻干燥机可以配置“止动”功能，以便在产品仍处于部分真空状态时密封低温速冻柜产品。通常情况下，速冻柜塞上装有部分塞子的塞子。 货架折叠，使得每个货架都压下位于相邻货架上的小瓶/塞子。
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