原核生物基因的特点：

-许多原核生物mRNA以多顺反子的形式存在
-原核生物mRNA无帽子结构，也没有或只有较短的多聚（A）结构
-半衰期短
-原核生物常以AUG（有时GUG，甚至UUG）作为起始密码子

Prodigal（译名：原核生物基因预测的动态规划算法）软件是用于原核生物基因预测的，只需输入基因组文件，设置好参数就可直接输出orf的核酸序列文件、氨基酸序列文件、gff文件等
1、安装解压

wget https://github.com/hyattpd/Prodigal/archive/refs/heads/GoogleImport.zip
unzip GoogleImport.zip

2、进入解压后的文件

cd GoogleImport.zip

3、修改MakeFile文件（将快捷方式文件放置自己定义的位置，他会默认放置于/usr/local/bin，但这个文件位置你无法访问）

vim MakeFile  #点击i，进入修改模式，将INSTALLDIR=/usr/local/bin修改为自己的bin文件（可读、写、执行），点击Esc，点击shift和:，输入wq，退出
make install

更改目录.png

成功

Snipaste_2021-12-30_22-56-09.png

4、参数设置

image.png

prodigal -i test.fna -f gff -o gene.gff3 -d  gene.fna -a gene.faa –p single –g 11

-i 输入待预测的基因组文件
-f 输出的基因位置信息的格式:gff/gbk(default)/sqn/sco
-o 输出基因位置信息文件名,不写则输出到屏幕
-d 指定输出基因核酸序列文件
-a 指定输出基因蛋白序列文件
-p: 预测模式,single(default)/meta
-g: 指定使用密码子表，数值1-25，默认11（11: Standard Bacteria/Archaea，标准细菌/古菌密码子表。 4: Mycoplasma/Spiroplasma ，支原体和螺旋体密码子表。1-25：其他密码子表）