lncRNA功能预测

我们在基因研究的时候，需要提前预测这个基因的功能是什么。编码基因可以通过其基因的蛋白结构来预测到主要功能是什么。但是对于长链非编码非编码RNA(lncRNA)的功能，这样功能预测的就不适用了。那么对于一个lncRNA要怎么预测其功能呢。

lncRNA功能预测原理

随着二代测序和基因芯片的出现，对于我们可以一次性获得一个样本所有的基因表达情况。虽然我们没办法知道lncRNA的功能预测。但是我们可以通过测序数据进行统计分析得到和这个lncRNA相关的编码基因有哪些。进而对这些相关的编码基因进行富集分析预测。就可以间接的了解这个lncRNA是什么功能了。

PS：虽然相关分析没办法分析上下游关系的。但是除非做转染，这个倒是也可以当作一个参考的。

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Co-LncRNA

Co-LncRNA(http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/Co-LncRNA/)就是这么一个基于以上想法的数据库。这个数据库搜集了很多相关疾病的测序数据。通过目标数据库我们就可以通过分析得到目标lncRNA的相互作用基因有哪些。进而可以获得主要调控的通路什么的。

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这个数据库包括多个功能：

CEGs:查询一个基因的可能相互作用基因

通过这个功能，我们可以查询基因可能相互作用的基因有哪些。我们需要做的就是选择相关的数据。然后输入目标基因即可。

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输入完成之后 我们就可以得到和这个基因相互作用的基因了。

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CEGsFuncs: 共表达基因的富集分析

👆的功能是寻找共表达基因，这个功能就是相关的共表达基因进行富集分析。这里我们可以输入一个lncRNA，也可以好几个lncRNA。然后就可以得到相关基因的富集分析结果

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其中另外一个功能: merge CEGsFuncs是一个可以融合多个数据集进行共表达分析富集的功能。但是也是只能选择三个数据集进行分析

CEGsNet: lncRNA共表达分析网络

对于目标lncRNA，之前我们只能看到相关的表格。这个是可以用网络的格式呈现的。虽然不好看吧。但是也是可以看一下的。

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