在解决串联质谱图谱从头测序问题的方法中，绝大多数是基于图论的方法，但研究学者们还提出了一些其他的综合方法，包括PEAKS、NovoHMM、UniNovo、Novor等。
PEAKS
2003年，Ma等人提出了PEAKS。PEAKS是用于解析肽图谱的一个综合软件包，它包含从头测序，数据库搜索，PTM鉴定，同源性搜索和数据分析。在PEAKS方法中运用了一种新的从头测序模型和算法，分为四个步骤。第一步将图谱进行预处理，即图谱噪声过滤和图谱峰聚合；第二步是在简化后的图谱中根据母离子质量列举出所有可能的候选肽段；第三布和第四步为综合打分的差异分析以及分值正则化。
NovoHMM
2005年，Fisher等人提出了隐马尔可夫模型（Hidden Markov Mode，HMM)。该法对应的软件是NovoHMM。HMM被视为一种解决贝叶斯框架中从头测序问题的新方法。该方法不是对序列的单个信号进行评分，而是将氨基酸的转移概率纳入范围，即某个氨基酸残基跟随另一个氨基酸残疾出现的概率组成的矩阵。在Fisher等人的论文中，他们通过许多例子证明了HMM法比其他流行的肽从头测序方法（如PepNovo）效果更好。
UniNovo
2013年，Jeong等人提出了UniNovo。如Jeong等人所述，与仅适用于某些类型图谱的其他肽从头测序工具相比，UniNovo是一种更普遍使用的工具，它对于各种类型的图谱或图谱对（例如CID，ETD，HCD，CID / ETD等）均有良好表现，甚至比PepNovo或PEAKS还要准确。
Novor
2015年，Ma开发了Novor，一种实时肽从头测序工具。该工具可以将从头测序速度提升到一个数量级，并保有与市场上其他从测序工具相似的精准度。在Macbook Pro笔记本电脑上，Novor每秒可解析300多个MS/MS图谱。
其他综合法
另外还有一些方法可以归类为综合法，比如Zhang等提出的DACSIM（适用于低精度仪器产出的数据），Bruni等使用的组合数学模型，Demine等提出的Sequit法（适用于MALDI类型数据），Kanazawa等提出的使用离子峰强度和氨基酸解离位点强度比来进行从头测序的方法等。多数情况下，这些方法都与仪器相关，并常常与肽段序列标签方法联合使用。
本文由百泰派克生物整理编辑，参考文献：
孙汉昌等，2010，串联质谱图谱从头测序算法研究进展。
De novo peptide sequencing,en.wikipedia.org/wiki/De_novo_peptide_sequencing#cite_note-14
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