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perl处理fasta文件

perl处理fasta文件

作者: qujingtao | 来源:发表于2021-10-27 22:13 被阅读0次

在perl处理fasta文件是,需要每次读入一个完整的 序列头+序列,需要利用到

local $/ = ">"

将perl默认的行分隔符切换为">"。

且从文件中第一次读取的内容为">"号,可以在<IN>进行去除,IN为定义的输入句柄。
在处理数据时:

s/>//;
my ($name, $seq) = splt/\n/,$_,2;
$seq =~ s/\n//g;

即可将一个序列的名保存到$name变量,将序列信息保留到$seq变量。

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