我国是一个季风国家，地处世界最大的大洋太平洋和世界最大大陆欧亚大陆交接处。冬夏气温冷暖不均，气候变化很大。大气环流不稳定，加之地质构造复杂，处于环太平洋火山地震带西岸。在地球发展的震荡时期，生物圈和人类智慧圈就会有失去平衡的或强或弱反映，因此，历史的近几千年来，中国灾害之多，世所罕匹。中国古代已知的瘟疫种类很多，如：天花、鼠疫、白喉、猩红热、霍乱、斑疹伤寒、伤寒、肺病、麻疯、疟疾、吸血虫病……有的怪病，传染性极强，至今也不知道它属于那一种病。《说文》提出“疫，民皆疾也。”把凡能传染的病通称为“疫”。“瘟”则是烈性传染病，可以在禽畜动物与人之间相互感染。特别烈性的瘟病可以朝发夕死。所以中国古代把传染病、流行病通称为“瘟疫”。
从中国几千年和“瘟疫”抗争有的历史中，流传下了大量的医史文献。从周惠王三年（前674年）至1949年，这2632年间，共记载有772年次程度不等的瘟疫。各时代、各地区的传染种类虽不一，但自12世纪以后，史料愈见精详，连续性与现代疫情资料基本相衔接，内容丰富，可研究性强。
商代开始就有“瘟疫”的文献记载。《小屯殷虚文字乙编》，卜问殷王是否染上传染病，又卜问疫病是否会蔓延流传。此后《尚书》记录了传染病就是疫疾。《诗经・小雅・节南山》记载，周幽王时期“天方荐瘥，丧乱弘多”。由于物候变化失常，引起疫病。《国语》、《春秋》、《左传》、《史记》、《汉书》以及各朝正史的“五行志”中都有关于瘟疫流行传播和防治的文献记载。例如《晋书·五行志》提出：“君炕阳而暴虐，臣畏刑而箝口，则怨谤之气发于歌谣，故有诗妖。介虫孽者，谓小虫有甲飞扬之类，阳气所生也，于《春秋》为螽，今谓之蝗，皆其类也。于《易》，‘兑’为口，犬以吠守，而不可信，言气毁故有犬祸。一曰，旱岁犬多狂死及为怪，亦是也。及人，则多病口喉咳者，故有口舌疴。”
从汉代开始，医书里都把传染病作为重点项目加以关注。陈邦贤《中国医学史》统计“论伤寒的书籍多至二百五十多种，可见我国古人对传染病的重视”。中国是文明古国，有悠久的历史，曾克服过若干次瘟疫，留下了抗御“温疫”的丰富文献。自西周以来，中国历史上瘟疫大流行的高峰期有以下几段时期：
一是东西汉之间至东汉时期；另一是明末至清初。这两段时期都是处在地理环境的突变时期。气候变迁异常激烈，导致生物圈和人类智慧圈的失调及震荡。此间一些奇怪的病症、瘟疫就会预想不到地突然出现。东汉末年从建安九年（204年）至建安二十四年（219年）中原地区流行瘟疫凶猛。东汉张仲景在《伤寒卒病论》中说“余宗族素多，向逾二百，自建安以来，犹未十年，其亡者三分之二,，伤寒十居其七” 。特别是建安二十二年（217年）死人特多。魏文帝曹丕回忆说：“昔年疾疫，亲故多受其灾”。又说：“疫疠多起，士人雕落”。那时中原“家家有伏尸之痛，室室有号泣之声，或合门而亡，或举族而丧者”。差不多同时，即欧洲罗马奥勒利安在位期间，大约在二世纪末，也爆发大瘟疫,瘟疫最严重时罗马城每天死亡约2000人。中国中原和欧洲罗马之间的广大地区，并没有传染病流行的直接记录。日本田茂树《世界社会史》说：“在东汉末代中国有十一年间继续流行凶猛的疫病……欧洲在第二世纪中瘟疫波及于罗马全领土。在那医术还不发达的古代，这种疫病究竟猖獗到了什么程度很难想象。”
李杲
另一次凶险的瘟疫是十二世纪前后。这时也是地理环境突发变异的多灾时期。从大观三年（1109年）至端平元年（1234年），“疫死者半”、“开封大疫，诸门出柩九十余万，贫不能葬者，不在是数，其灾可谓至矣。” 这次瘟疫磨练出了防治瘟疫医生，其中“金元四大家”的李杲和他的医学著作《脾胃论》为出名。
欧洲从14世纪黑死病（Black Death）大流行，共死亡2500万人，占当时欧洲人口的1/4。英国1664年——1665年鼠疫大流行，46万人口中死亡7万。
明代万历、崇祯至清康熙年间是中国寒冷灾变时期。疠疫流行，死亡枕籍。最严重的是崇祯十四年（1641年），南北两直隶，山东、安徽、浙江、贵州、湖南等地疾疫大作，山东东明县“春二月瘟疫大作，有一家死数口者，有一家全殁者，白骨山积，遗骸遍野” 。崇祯十六年（1643年）的瘟疫，“有疙瘩瘟、羊毛瘟等，呼病即亡，不留片刻。八、九月间，死者数百万……至霜雪渐繁，势始渐杀。” 山东“春夏间瘟疫盛行，甚至户灭村绝。”
近代中国瘟疫大爆发是从光绪十四年（1888年）、民国十年（1921年）和民国二十一年（1932年）。仅光绪十四年（1888年）霍乱流行，被清政府统计到的感染的市县达306处，患病者达100666人，死亡达31974人。光绪二十六年（1900年）到1949年，“仅仅死于鼠疫的人数就有102万。病死率89%，其中包括日本侵略军搬布鼠疫杆菌的部分受害者。”民国十年（1921年），云南瘟疫流行，病名是“烂喉丹痧（猩红热兼白喉）”。“云南省长刘祖武全家传染此症，不治死亡”。
中国古代疫情史料大体分为：25史正史文献；数量达八千余种，十万多卷的地方志；明、清皇家档案；地方档案；浩如渊海的中医著述；众多的文人笔记、日记、诗集；清代及民国的报纸刊物等。虽然欧、美及地中海沿岸的许多国家历史上都发生过不少重大的瘟疫，而中国历来重视历史文献的收集整理，为“文献名邦”，所以保存疫情史料之丰富，在世界上可以说是“举世无双”。
中国古代从数千年和瘟疫抗争中逐渐总结出了一整套中医治瘟疫的理论系统。留下了防治瘟疫经验宝贵经验，针对不用的瘟疫和个体病人的年龄、体质、职业、性别等等具体情况，“辨证施治”。创造了有不同的系列方剂，以调动病人整体免疫功能为主，平衡病人体内的虚、实、寒、热，培本固元、扶正除邪，方法灵活，效果显著。
为什么会出现瘟疫？中国古代有几乎一致的解答。
物候变迁是瘟疫发生的重要原因之一，这一理论是《黄帝内经》奠定的。《黄帝内经》中的“五运六气” 是中国古代将天文、气象的变化及其影响人体发病的一种理论。《黄帝内经》更把把一年之中分为四季、十二旬、七十二候，详细记录了每一候的特点和人体生理的正常反映。如果“从其气则和，违其气则病”，其中“天元纪大论”、“五运行大论”、“气交变大论”等章节，将人体健康和天、地环境的运行变化作了较为系统的研究。其他古史文献都与《黄帝内经》的思路一致，如《吕氏春秋》说：“孟春行秋令，季春行夏令，仲夏行秋令，则民疾疫”。“疠疾，气不和之疾”。《后汉书・顺帝纪》说：“上干天和，疫疠为灾”。气候反常，寒暑错位是形成瘟疫环境条件的重要原因。《周礼・天官》、《公羊传》等古籍都说明瘟疫流行的重要原因是气候反常。《淮南子》更明确地说：“季春之月，招摇指辰，昏七星中，旦牵牛中，其位东方，其日甲乙，其虫鳞，其音角，律中姑洗，其数八，其味酸，其臭膻，其祀户，祭先脾。桐始华，田鼠化为鴽，虹始见，萍始生。天子衣青衣，乘苍龙，服苍玉，建青旗，食麦与羊，服八风水，爨萁燧火，东宫御女青色衣，青采，鼓琴瑟。其兵矛，其畜羊。朝于青阳右个。舟牧覆舟，五覆五反，乃言具于天子。天子乌始乘舟，荐鲔于寝庙，乃为麦祈实。是月也，生气方盛，阳气发泄，句者毕出，萌者尽达，不可以内。天子命有司发囷仓，助贫穷，振乏绝，开府库，出币帛，使诸侯，聘名士，礼贤者。命司空，时雨将降，下水上腾，循行国邑，周视原野，修利堤防，导通沟渎，达路除道，从国始，至境止。田猎毕弋，罝罘罗网，餧毒之药，毋出九门。乃禁野虞，毋伐桑柘。鸣鸠奋其羽，戴鵀降于桑，具扑曲筥筐。后妃斋戒，东乡亲桑，省妇使，劝蚕事。命五库，令百工，审金铁皮革、筋角箭簳、脂胶丹漆，无有不良。择下旬吉日，大合药，致欢欣。乃合累牛腾马，游牝于牧。令国傩，九门磔攘，以毕春气。行是月令，甘雨至三旬。季春行冬令，则寒气时发，草木皆肃，国有大怨。行夏令则民多疾疫，时雨不降，山陵不登。行秋令，则天多沉阴，淫雨早降，兵革并起。三月官乡，其树李。”
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