数据科学 IPython 笔记本 9.11 结构化数据:NumP

作者: 布客飞龙 | 来源:发表于2019-01-05 14:18 被阅读7次

    9.11 结构化数据:NumPy 的结构化数组

    本节是《Python 数据科学手册》(Python Data Science Handbook)的摘录。

    译者:飞龙

    协议:CC BY-NC-SA 4.0

    虽然我们的数据通常可以通过同构数组来很好地表示,但有时并非如此。 本节演示了 NumPy 结构化数组和记录数组的用法,它们为复合异构数据提供了有效的存储。 虽然这里展示的模式对于简单操作很有用,但像这样的场景通常适合使用 Pandas Dataframe,我们将在第三章中探索。

    import numpy as np
    

    想象一下,我们有很多人的多个数据类别(比如姓名,年龄和体重),我们希望存储这些值以便在 Python 程序中使用。可以将它们存储在三个独立的数组中:

    name = ['Alice', 'Bob', 'Cathy', 'Doug']
    age = [25, 45, 37, 19]
    weight = [55.0, 85.5, 68.0, 61.5]
    

    但这有点笨拙。 这里没有任何东西告诉我们三个数组是相关的;如果我们可以使用单一结构来存储所有这些数据,那将更自然。NumPy 可以使用结构化数组处理这个问题,结构化数组是具有复合数据类型的数组。

    回想一下,之前我们使用这样的表达式创建了一个简单的数组:

    x = np.zeros(4, dtype=int)
    

    我们可以使用复合数据类型规范,以相似方式创建结构化数组:

    # 使用结构化数组的复合数据类型
    data = np.zeros(4, dtype={'names':('name', 'age', 'weight'),
                              'formats':('U10', 'i4', 'f8')})
    print(data.dtype)
    
    # [('name', '<U10'), ('age', '<i4'), ('weight', '<f8')]
    

    这里'U10'表示“最大长度为 10 的 Unicode 字符串”,'i4'表示 4 字节(即 32 位)整数,'f8'表示 8 字节(即 64 位)浮点数。我们将在下一节中讨论这些类型代码的其他选项。

    现在我们已经创建了一个空的容器数组,我们可以使用我们的值列表填充数组:

    data['name'] = name
    data['age'] = age
    data['weight'] = weight
    print(data)
    
    '''
    [('Alice', 25, 55.0) ('Bob', 45, 85.5) ('Cathy', 37, 68.0)
     ('Doug', 19, 61.5)]
    '''
    

    正如我们所希望的那样,数据现在被安排在一个方便的内存块中。结构化数组的便利之处在于,你现在可以通过索引或名称来引用值:

    # 获取所有名称
    data['name']
    
    '''
    array(['Alice', 'Bob', 'Cathy', 'Doug'], 
          dtype='<U10')
    '''
    
    # 获取数据的第一行
    data[0]
    
    # ('Alice', 25, 55.0)
    
    # 获取最后一行的名称
    data[-1]['name']
    
    # 'Doug'
    

    使用布尔掩码,你甚至可以执行一些更复杂的操作,例如过滤年龄:

    # 获取年龄小于 30 的名称
    data[data['age'] < 30]['name']
    
    '''
    array(['Alice', 'Doug'], 
          dtype='<U10')
    '''
    

    请注意,如果你想进行任何比这些更复杂的操作,你应该考虑下一章中介绍的 Pandas 包。正如我们所看到的,Pandas 提供了Dataframe对象,它是一个构建在 NumPy 数组上的结构,它提供了各种有用的数据操作功能,类似于我们在这里展示的东西,以及更多。

    创建结构化数组

    可以通过多种方式规定结构化数组数据类型。之前,我们见过了字典方法:

    np.dtype({'names':('name', 'age', 'weight'),
              'formats':('U10', 'i4', 'f8')})
    
    # dtype([('name', '<U10'), ('age', '<i4'), ('weight', '<f8')])
    

    为清楚起见,可以使用 Python 类型或 NumPy dtype来指定数字类型:

    np.dtype({'names':('name', 'age', 'weight'),
              'formats':((np.str_, 10), int, np.float32)})
              
    # dtype([('name', '<U10'), ('age', '<i8'), ('weight', '<f4')])
    

    复合类型也可以指定为元组列表:

    np.dtype([('name', 'S10'), ('age', 'i4'), ('weight', 'f8')])
    
    # dtype([('name', 'S10'), ('age', '<i4'), ('weight', '<f8')])
    

    如果类型的名称对你无关紧要,则可以在逗号分隔的字符串中单独指定类型:

    np.dtype('S10,i4,f8')
    
    # dtype([('f0', 'S10'), ('f1', '<i4'), ('f2', '<f8')])
    

    缩短的字符串格式代码可能看起来令人困惑,但它们建立在简单的原则之上。第一个(可选)字符是<>,分别表示“小端”或“大端”,并规定了有效位的顺序约定。下一个字符指定数据类型:字符,字节,整数,浮点等(参见下表)。最后一个或多个字符表示对象的大小(以字节为单位)。

    字符 描述 示例
    'b' 字节 np.dtype('b')
    'i' 符号整数 np.dtype('i4') == np.int32
    'u' 无符号整数 np.dtype('u1') == np.uint8
    'f' 浮点 np.dtype('f8') == np.int64
    'c' 复数浮点 np.dtype('c16') == np.complex128
    'S', 'a' 字符串 np.dtype('S5')
    'U' Unicode 字符串 np.dtype('U') == np.str_
    'V' 原始数据(void) np.dtype('V') == np.void

    更高级的复合类型

    可以定义更高级的复合类型。例如,你可以创建一个类型,其中每个元素包含一个数组或矩阵。在这里,我们将创建一个带有mat成分的数据类型,该成分由3x3浮点矩阵组成:

    tp = np.dtype([('id', 'i8'), ('mat', 'f8', (3, 3))])
    X = np.zeros(1, dtype=tp)
    print(X[0])
    print(X['mat'][0])
    
    '''
    (0, [[0.0, 0.0, 0.0], [0.0, 0.0, 0.0], [0.0, 0.0, 0.0]])
    [[ 0.  0.  0.]
     [ 0.  0.  0.]
     [ 0.  0.  0.]]
    '''
    

    现在X数组中的每个元素都包含一个id和一个3x3矩阵。为什么要使用它而不是简单的多维数组,或者 Python 字典呢?原因是这个 NumPy dtype直接映射到 C 结构定义,因此包含数组内容的缓冲区,可以在适当编写的 C 程序中直接访问。

    如果你发现自己为处理结构化数据的遗留 C 或 Fortran 库编写 Python 接口,你可能会发现结构化数组非常有用!

    记录数组:略有不同的结构化数组

    NumPy 还提供了np.recarray类,它与刚刚描述的结构化数组几乎相同,但有一个附加功能:字段可以作为属性而不是字典的键来访问。

    回想一下,我们以前写过:

    data['age']
    
    # array([25, 45, 37, 19], dtype=int32)
    

    如果我们将数据视为记录数组,我们可以通过更少的敲键盘来访问它:

    data_rec = data.view(np.recarray)
    data_rec.age
    
    # array([25, 45, 37, 19], dtype=int32)
    

    缺点是对于记录数组,即使使用相同的语法,访问字段会有一些额外的开销。 我们在这里可以看到:

    %timeit data['age']
    %timeit data_rec['age']
    %timeit data_rec.age
    
    '''
    1000000 loops, best of 3: 241 ns per loop
    100000 loops, best of 3: 4.61 µs per loop
    100000 loops, best of 3: 7.27 µs per loop
    '''
    

    更方便的记号是否值得额外开销,取决于你自己的应用。

    转向 Pandas

    关于结构化和记录数组的这一部分,有意放在本章的最后部分,因为它很好地介绍了我们将要介绍的下一个包:Pandas。

    在某些情况下,最好了解这里讨论的结构化数组,特别是在你使用 NumPy 数组来映射到 C,Fortran 或其他语言的二进制数据格式的情况下。

    对于结构化数据的日常使用,Pandas 包是一个更好的选择,我们将在下一章中深入讨论它。

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