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通路看不懂咋整,在R语言里直接翻译吧。。。

通路看不懂咋整,在R语言里直接翻译吧。。。

作者: 小洁忘了怎么分身 | 来源:发表于2023-07-05 13:57 被阅读0次

今天研究富集分析结果,发现每次都要把富集到的通路description复制到浏览器去翻译,好麻烦。。。

脑子里突然冒出一个奇怪的念头,有没有英译中的R包啊。。。

然后我就去搜。。。


啊!还真的有。。。有,有道?

但是这个包已经过时了。抱着试试看的态度安装历史版本

#download.file("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/RYoudaoTranslate/RYoudaoTranslate_1.0.tar.gz","RYoudaoTranslate_1.0.tar.gz")
#install.packages("RYoudaoTranslate_1.0.tar.gz",repos = NULL)

1.基本使用

来自帮助文档

rm(list = ls())
library(RYoudaoTranslate)
library(RCurl)
library(rjson)
apikey = "498375134"
keyfrom = "JustForTestYouDao"
youdaoLookUp("youdao",api=apikey,keyfrom=keyfrom)

##                                                                                                                        youdao 
## "Youdao,增强版有道词典网易有道典桌面版; Youdao Dictionary,有道词典豪华版有道手机词典; Youdao Desktop Dictionary,有道桌面词典"

youdaoLookUp("teacher",api=apikey,keyfrom=keyfrom)

##                                                                                                                             teacher 
## "Teacher,教师老师教员导师; head teacher,高级教师班主任高级西席; Great Teacher Onizuka,麻辣教师GTO麻辣教师GTO麻辣教师伟大的老师鬼冢"

youdaoLookUp("bioinfomatics",api=apikey,keyfrom=keyfrom)

##                                                   bioinfomatics 
## "Bioinfomatics,生物信息学; Computer Science Bioinfomatics,专业"

麻辣教师是什么鬼。。。

2.应用于分析

rm(list = ls())
load("egobp.Rdata")
library(RCurl)
library(rjson)
library(stringr)
apikey = "498375134"
keyfrom = "JustForTestYouDao"

tmp = youdaoLookUp(ego_bp@result$Description[1],api=apikey,keyfrom=keyfrom)
tmp

##                                                                               T cell activation 
## "T cell activation,T细胞活化; T cell activation antigen,T细胞活化抗原细胞激活抗原T细胞激活抗原"

#试了一下不支持向量,所以只好写个循环
a = sapply(ego_bp@result$Description[1:10], function(x){
  tmp = youdaoLookUp(x,api=apikey,keyfrom=keyfrom)
  str_split(tmp,";")[[1]][1]
  })
a[a!=""]

##                   T cell activation                 leukocyte migration 
##       "T cell activation,T细胞活化"    "leukocyte migration,白细胞游走" 
##                        cell killing 
## "Cell Killing,细胞杀伤细胞杀伤功能"

成功率不高,有些没翻译出来的,就成了”“,例如

a[2]

## regulation of T cell activation 
##                              ""

翻译不出来啊那也没啥办法,为什么包的作者不继续维护了呢。反正我用了5年R语言没听说过这个东东,今天脑子一激灵突然想到的。。。

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