一般认为“植物合成、动物消费、微生物分解，是地球生物圈生生不息的基本物质循环模式。微生物是自然界的还原者，将各种有机废物分解、矿化，释放出矿物质和能量，使自然界物质得以循环”。其实，任何异养生物都是还原者。也就是说，食物链的每一个节点，同时存在着同化作用和异化作用（即矿化作用）。同样，微生物在利用分解有机物所释放的能量，将有机物质矿化，同时也将一部分能量合成自身物质用于生长，使部分能量和物质（能量的载体）再进入生物链。就水生生态系统而言，光合食物链和腐生食物链都进入基本食物链的物质循环：藻类和微生物→原生动物→浮游动物→小型动物→大型动物→微生物→藻类……，如此往复循环。水生生态系统中的绝大多数微生物是难以单独生存的，也就是通常所说的——不可培养。微生物由于个体小，结构简单，没有专门用于摄取营养的器官。因此，微生物的营养物质的吸收以及代谢产物的排出都是依靠细胞膜的功能来完成的。微生物吃东西的目的是用于生长。当然，要生长就得合成新细胞的建筑材料，因此，必须消耗能量。微生物的能量来源主要有化能和光能，对于池塘养殖来说，主要来自化能。也就是说，微生物吸收的营养素有一部分用于燃烧产生能量，我们称为“异化”；一部分用来合成产生细胞物质，我们称为“同化”。如果我们想培养微生物作为天然饲料，我们当然希望同化效率越高越好，如果我们是利用微生物进行污水处理，我们则希望同化效率越低越好。微生物的能量来源，植物胞外产物，排泄物，动物尸体。微生物生长的产物，胞外酶、抗菌素、及营养不良时的有毒产物。因此，了解微生物生态，尤其是了解细菌及细菌之间的相互关系，以及腐生食物链的结构和组成，是将来池塘养殖高产、可控、生态的基础。
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