Shotgun proteomics鸟枪蛋白质组学是指使用自下而上的蛋白质组学技术，利用高效液相色谱结合质谱法来鉴定复杂混合物中的蛋白质。这个名字来源于脱氧核糖核酸的霰弹枪定序法，而脱氧核糖核酸本身就是以猎枪快速扩张的准随机射击模式命名的。鸟枪蛋白质组学最常用的方法是从消化混合物中的蛋白质开始，然后通过液相色谱分离得到肽。然后用串联质谱法来鉴定这些肽。shotgun蛋白质全谱分析允许鉴定样品的全部蛋白质，可同时鉴定成百上千种蛋白质。
image.png
image.png
在自下而上的蛋白质组学领域，使用 SRM 和数据独立采集方法的靶向蛋白质组学常被认为是鸟枪法蛋白质组学的替代方法。虽然鸟枪蛋白质组学使用数据依赖的前体离子选择产生片段离子扫描，上述方法使用确定性的方法获取片段离子扫描。
image.png
鸟枪法(shotgun)可以分析全细胞裂解样品和组织抽提物，也可以分析亚细胞分级组分、分离的细胞器等其他亚蛋白质组。如果样品已经过稳定同位素标记（比如，可用4标、8标、16标等）。根据不同标记的信号强度比例就可以精确确定化学上具有均一性的蛋白在不同样品中的相对丰度，这种多重分析可以利用在谱图上产生前后次序的质量标记得以完成。质谱分析以前在样品中加入同位素标记的某种质量校准肽，通过对此肽的相对定量就可以获得绝对定量的信息。实现目的肽段的绝对定量，而这一性质可以被充分应用以提供临床诊断的标准值或阈值。
参考
Shotgun proteomics - Wikipedia
Illustration of shotgun proteomics workflow. | Download Scientific Diagram (researchgate.net)
网友评论