./mummerCoordsDotPlotly.R + mum

./mummerCoordsDotPlotly.R 软件使用总结

    -i INPUT, --input=INPUT  # 要可视化的show.coords文件
        coords file from mummer program 'show.coords' [default NULL]

    -o OUTPUT, --output=OUTPUT # 输出前缀
        output filename prefix [default out]

    -v, --verbose
        Print out all parameter settings [default]

    -q MIN-QUERY-LENGTH, --min-query-length=MIN-QUERY-LENGTH # 最小的查询reads长度
        filter queries with total alignments less than cutoff X bp [default 4e+05]

    -m MIN-ALIGNMENT-LENGTH, --min-alignment-length=MIN-ALIGNMENT-LENGTH  # 设置比对的长度
        filter alignments less than cutoff X bp [default 10000] 

    -p PLOT-SIZE, --plot-size=PLOT-SIZE # 图片大小
        plot size X by X inches [default 15]

    -l, --show-horizontal-lines # 显示横着的 网格线 grid 
        turn on horizontal lines on plot for separating scaffolds  [default FALSE]

    -k NUMBER-REF-CHROMOSOMES, --number-ref-chromosomes=NUMBER-REF-CHROMOSOMES #默认输出全部染色体，也可以指定数目
        number of sorted reference chromosomes to keep [default all chromosmes]

    -s, --similarity # 相似度高，颜色越深
        turn on color alignments by percent similarity [default FALSE]

    -t, --identity-on-target
        turn on calculation of % identity for on-target alignments only [default FALSE]

    -x, --interactive-plot-off
        turn off production of interactive plotly [default TRUE]

    -r REFERENCE-IDS, --reference-ids=REFERENCE-IDS # 按顺序列出这些染色体
        comma-separated list of reference IDs to keep [default NULL]

    -h, --help
        Show this help message and exit

之前还碰到一些错误，我调试了好久。

检索错误后，在徐洲更博客找到解决办法。在~/.Rprofile添加一行

options(bitmapType='cairo')

画的图有一条染色体没有hit,我检查了好久。实际上是黄色的点，但是用2345看图王打开就完全看不到点，吐了。

避免淡黄色看不清，去除参数 -s 
./mummerCoordsDotPlotly.R -i NN.delta.coords  -o NN.delta.coords.pic -m 500 -q 500  -p 15 -l  \
-r Chr4A,Chr4B,Chr4C,Chr4D # 仅仅画Chr4A,Chr4B,Chr4C,Chr4D 4条染色体

./mummerCoordsDotPlotly.R -i NN.delta.coords  -o NN.delta.coords.pic -m 500 -q 500  -p 15 -l \
-k nums(int)  # nums 是画多少条染色体

参考资料

徐洲更博客