高等真核细胞核中的染色质被各种 RNA 物种广泛结合。最近开发了一种通过固定透化核的深度测序(GRID-seq)原位捕获全局 RNA 与 DNA 相互作用的方法，其允许以无偏见的方式鉴定染色质相关 RNA 的整个库。GRID-seq 的实验设计与最近发表的两种策略(MARGI (映射 RNA-基因组相互作用)和 ChAR-seq (染色质相关 RNA 测序))相关，这两种策略也使用二价接头连接 RNA 和 DNA。然而，重要的是，GRID-seq 还实施了一种联合的实验和计算方法来控制在文库构建过程中可能发生的非特异性 RNA-DNA 相互作用，这对于准确解释检测到的 RNA-DNA 相互作用是至关重要的。GRID-seq 通常发现与组织特异性启动子和增强子(特别是超级增强子)相互作用的编码和非编码 RNA (ncRNA) ，从中可以推导出全局启动子-增强子连接性图谱。在这里，提供了一个详细的 GRID-seq 方案，包括细胞核制备，染色质片段化，RNA 和 DNA 与二价接头的原位连接，PCR 扩增和高通量测序。为了进一步提高 GRID-seq 的效用，提供了一个称为 GridTools 的数据分析管道，其中集成了背景校正和基因组元件邻近性推断等关键步骤。对于在分子生物学方面经验丰富、生物信息学技能较少的研究人员来说，该方案从细胞固定到文库构建通常需要4-5天，数据处理则需要2-3天。
GRID-seq for comprehensive analysis of global RNA–chromatin interactions | Nature Protocols
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