文献分享5：GapFiller的简单使用

文章题目

Toward almost closed genomes with GapFiller

发表期刊及年份

Genome Biology 2012

软件的简单介绍基因组草图的gap closer软件：GapFiller
软件的安装包里有一份手册和一份教程，接下来重复教程

• 第一步：下载测序数据

.aspera/connect/bin/ascp -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP000/SRP000220/SRR001665/SRR001665.sra ./mingyan/raw_sequencing_data/

aspera的安装与使用可以参考https://www.jianshu.com/p/2e5e05385f3f

• 第二步：将sra格式的数据转化为fastq格式

~/mingyan/Bioinformatics_tool/SRAtoolkit/sratoolkit/bin/fasterq-dump --split-3 SRR001665.sra -p -O ./

之前转化自己一直使用的都是fastq-dump命令，前两天读到文章都8102年了，还用fastq-dump，快换fasterq-dump吧，才知道sra-tools已经更新了新的解压工具fasterq-dump，新的工具最大的优势就是快啦！还有一个好处是可以通过-p参数来显示进度，比起干巴巴的等稍微好了一点点

• 第三步：运行教程中的命令

perl ../GapFiller/GapFiller.pl -l libraries.txt -s ../GapFiller/example/SSPACE_scaffolds.fa -m 30 -o 2 -r 0.7 -n 10 -d 50 -t 10 -T 1 -i 1 -b test

运行结果 53.PNG

各项参数可以参考开头部分提到的软件介绍那边文章
这一步需要注意的是将libaries.txt文件中的fastq文件名改成自己的
（另找时间读一读这篇文章的内容）