水平基因转移(HGT)是指遗传物在物种间从一个相邻生物体到另一个生物体横向传递，是原核生物遗传变异的重要过程。HGT是负责塑造原核生物基因组和在自然选择中生存的驱动力之一，对原核生物的进化有很大贡献，但它会使物种进化史复杂化，导致它们的分类困难。因此，深入了解HGT是研究原核生物进化的基础。HGTree是一个全面的HGT数据库，构建于2015年，包含2472个原核生物基因组的HGT事件。近年来大量原核基因组相继发表，为了应对原核基因组数据的快速增长，推出了HGTreev2.0，该数据库可访问地址：http://hgtree2.snu.ac.kr。
HGTreev2.0，包括共20,536个非冗余原核基因组，以及通过各种步骤筛选到的可靠HGT信息。此外，HGTreev2.0还拥有一组扩展数据结果，包含6,361,199个假定的水平转移基因，及KEGG通路、毒力因子和抗生素耐药性等附加功能信息。
表 HGTree v2.0和HGTree 之间的比较
HGTreev2.0数据库网站提供各种可视化工具，可供使用者轻松获得感兴趣的基因组。
(A)网站“浏览”部分，用户可使用ID来查找相关的HGT事件。通过点击基因组，用户可以查看基因组的分类、分离来源、地理位置和HGT相关基因在基因组中的比例(HGT指数)。
(B)点击“Detail”，用户可以查看所选基因组的“HGT Summary”。图中显示了HGT事件与所选基因组参与的其他属的比例。
(C) 注释的HGT相关基因还包括连接到Pfam、COG和KEGG数据库的外部链接，以及基因流动的系统发育树。
(D)“搜索”部分仅提供所选基因组中HGT事件的信息。
(E)“Circos”可视化可以通过与供体染色体颜色匹配的连线提供对转移基因的直观理解。
图 HGTree v2.0的可视化界面
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参考文献
HGTree v2.0: a comprehensive database update for horizontal gene transfer (HGT) events detected by the tree-reconciliation method. Nucleic Acids Research, 2023.
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